以资抵工程款在符合法律规定和合同约定的情况下是合法的。以下从多个角度对此进行详细分析：
一、法律背景与依据
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》的相关规定，债务人或者第三人可以将其有权处分的财产设定抵押，以担保债务的履行。在建设工程领域，如果发包人欠付工程款，双方可以协商以其他财产（如房产、设备等）来抵偿工程款，这实际上是一种债务清偿方式的约定，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。
合同自由原则：
- 合同双方当事人在不违反法律、行政法规强制性规定的前提下，享有充分的合同自由，包括约定债务清偿的方式。因此，如果双方在合同中明确约定了以资抵工程款的方式，且该约定合法有效，那么双方应当按照约定履行。
二、合法性的具体条件
财产权属清晰：
- 用于抵偿工程款的财产必须权属清晰，没有争议。如果财产存在权属纠纷或者被查封、扣押等情况，那么以该财产抵偿工程款可能会面临法律风险。
财产价值相当：
- 用于抵偿工程款的财产价值应当与工程款数额相当。如果财产价值明显低于工程款数额，可能会损害承包人的利益；如果财产价值明显高于工程款数额，发包人可能会要求承包人补足差价，这也会增加交易的复杂性。
双方协商一致：
- 以资抵工程款必须基于双方当事人的协商一致。如果一方不同意以资抵工程款，而另一方强行要求，那么这种行为可能构成违约或者侵权。
不违反法律、行政法规的强制性规定：
- 以资抵工程款的方式必须不违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果用于抵偿工程款的财产是法律禁止流通的物品，那么这种抵偿方式就是无效的。
三、实际操作中的注意事项
签订书面协议：
- 为了保障双方的权益，建议双方在协商一致后签订书面协议，明确以资抵工程款的具体事项，包括财产的种类、数量、价值、交付方式、过户手续等。
办理相关手续：
- 如果用于抵偿工程款的财产需要办理过户手续（如房产、车辆等），双方应当及时办理相关手续，确保财产权属的转移。
评估财产价值：
- 在确定用于抵偿工程款的财产价值时，建议双方委托专业的评估机构进行评估，以确保财产价值的客观性和公正性。
四、可能的法律后果
如果以资抵工程款合法有效：
- 那么双方应当按照约定履行各自的义务。如果一方不履行或者履行不符合约定，另一方可以依法要求其承担违约责任。
如果以资抵工程款存在违法情形：
- 如财产权属不清、价值不相当、未经协商一致或者违反法律、行政法规的强制性规定等，那么这种抵偿方式可能是无效的。在这种情况下，双方可能需要通过其他方式来解决工程款纠纷，如诉讼、仲裁等。
总结来说，以资抵工程款在符合法律规定和合同约定的情况下是合法的。但在实际操作中，双方需要注意财产权属、价值相当、协商一致以及不违反法律、行政法规的强制性规定等条件，并签订书面协议、办理相关手续、评估财产价值等，以确保以资抵工程款的合法性和有效性。如果您在建设工程领域遇到法律问题，可以直接向我咨询。