开发商工程抵款在合法合规操作的前提下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

合法性依据

从法律层面来看，工程抵款本质上是一种债务清偿方式，只要符合相关法律规定和合同约定，就是合法有效的。在建设工程领域，开发商与承包商之间常常会因为工程款支付问题产生纠纷。为了解决这一问题，双方可以协商通过工程抵款的方式来清偿债务。这种方式在法律上并没有被禁止，只要双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当认定为合法有效。

合法操作的关键要点

1. 合同约定明确：开发商与承包商之间应当签订详细的工程抵款协议，明确抵款的工程范围、抵款金额、抵款方式（如以房屋、土地使用权等抵款）、产权过户时间、违约责任等关键条款。例如，双方约定以开发商名下的某套房屋来抵偿部分工程款，那么协议中就需要明确该房屋的具体位置、面积、房号、抵款金额占工程款总额的比例等信息，以避免后续产生纠纷。
2. 产权清晰无争议：用于抵款的工程或资产应当产权清晰，不存在任何权利瑕疵或纠纷。如果以房屋抵款，那么该房屋应当已经取得合法的产权证书，不存在被抵押、查封等情况。否则，承包商在接受抵款后可能会面临无法办理产权过户手续、房屋被第三人追索等风险。
3. 符合税收法规：工程抵款涉及到税务问题，双方应当按照税收法规的规定缴纳相关税费。例如，以房屋抵款时，开发商需要缴纳增值税、土地增值税等，承包商需要缴纳契税等。如果双方未按照规定缴纳税费，可能会面临税务机关的处罚。

违法风险及后果

如果开发商工程抵款操作不当，可能会面临以下违法风险及后果：

1. 合同无效风险：如果工程抵款协议违反了法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，导致合同无效。那么双方之间的抵款行为将不受法律保护，承包商可能无法通过抵款方式获得工程款清偿，开发商也可能需要承担返还财产、赔偿损失等法律责任。
2. 税务违法风险：如前文所述，工程抵款涉及到税务问题。如果双方未按照税收法规的规定缴纳相关税费，可能会面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。情节严重的，还可能构成逃税罪等刑事犯罪，面临刑事处罚。
3. 产权纠纷风险：如果用于抵款的工程或资产产权不清晰，存在权利瑕疵或纠纷，那么承包商在接受抵款后可能会陷入产权纠纷中。例如，以房屋抵款时，如果该房屋已经被抵押给银行，那么在开发商未还清银行贷款的情况下，承包商可能无法办理产权过户手续，甚至可能面临房屋被银行拍卖的风险。

实际操作建议

1. 在签订工程抵款协议前，承包商应当对开发商的资信情况进行充分调查，了解开发商的财务状况、信用记录、涉诉情况等，以评估开发商的履约能力和抵款资产的风险。
2. 双方应当聘请专业的律师对工程抵款协议进行审查和起草，确保协议内容合法合规、条款明确具体，避免出现漏洞和歧义。
3. 在办理产权过户手续时，双方应当按照相关规定缴纳税费，并保留好相关的税费缴纳凭证，以避免后续产生税务纠纷。

如果你在开发商工程抵款方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。