工程抵账房是否合法，主要取决于抵账房合同的具体内容和相关法律法规的规定。

一般而言，如果工程抵账房合同是各方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫、恶意串通等导致合同无效的情形，并且符合相关法律法规的规定，比如具备合法有效的房屋来源、能够办理房屋产权转移登记等手续，那么该合同通常是合法有效的。例如，在建设工程施工合同中，双方基于真实意思，通过协商一致，将建设单位所建房屋抵付工程款，并签订明确的抵房合同，约定房屋的具体信息、价款、付款方式等内容，同时不存在违反法律法规强制性规定的条款，这样的合同在法律上是被认可的。

然而，如果抵账房合同存在违法违规行为，比如房屋本身存在产权纠纷、未取得合法建设手续，或者合同签订过程存在严重瑕疵，损害了国家利益、集体利益或第三人合法权益等，那么该合同可能被认定为无效或可撤销。

因此，在判断工程抵账房是否合法时，需要综合考量合同的各项要素以及是否符合法律法规的要求。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。