农民工工资冲抵工程款是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：

1. 从法律层面来看：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，农民工工资应当按时足额支付，不得以任何理由拖欠或克扣。工程款与农民工工资是两个不同的概念，工程款是建设单位与施工单位之间因工程建设而产生的款项，而农民工工资是施工单位应当支付给为其提供劳动的农民工的报酬。
   • 将农民工工资冲抵工程款，实质上是将施工单位应承担的支付农民工工资的义务转嫁给了农民工个人，违反了法律法规关于保障农民工工资支付的规定。

2. 从合同关系来看：

   • 建设单位与施工单位之间签订的是工程建设合同，而施工单位与农民工之间签订的是劳动合同或劳务合同。这两个合同关系是独立的，不能相互混淆或替代。
   • 工程款是建设单位根据工程建设合同应支付给施工单位的款项，而农民工工资是施工单位根据劳动合同或劳务合同应支付给农民工的报酬。因此，将农民工工资冲抵工程款，违反了合同关系的相对性和独立性原则。

3. 从社会影响来看：

   • 农民工是城市建设的重要力量，他们为城市的发展做出了巨大贡献。如果允许将农民工工资冲抵工程款，将严重损害农民工的合法权益，影响他们的生活和社会稳定。
   • 此外，这种做法还可能引发一系列社会问题，如农民工讨薪难、群体性事件等，给社会带来不良影响。

法律建议：

• 对于施工单位而言，应当严格遵守法律法规关于保障农民工工资支付的规定，按时足额支付农民工工资。如果因资金困难等原因无法按时支付，应当与农民工协商解决，并积极寻求政府和相关部门的帮助和支持。
• 对于农民工而言，如果遇到工资被拖欠或克扣的情况，应当及时向当地劳动监察部门投诉举报，维护自己的合法权益。同时，也可以寻求法律援助或向法院提起诉讼等方式来解决问题。

总之，农民工工资冲抵工程款是不合法的行为，应当予以制止和纠正。如果遇到相关问题，建议及时咨询专业律师或向相关部门寻求帮助。