将材料款用于支付农民工工资，这一行为是否合法，取决于具体的情境和条件。下面我将从几个角度进行详细分析：
合同约定与专款专用原则：
- 如果材料款和农民工工资在合同中是有明确区分且分别约定的，那么按照合同约定，材料款应专款专用，不应被挪作支付工资。此时，将材料款用于支付工资可能构成违约，不合法。
- 但如果合同中有约定或双方有协商一致，允许在特定情况下将材料款用于支付工资，那么这一行为就是合法的。
农民工工资保障与优先受偿权：
- 根据相关法律法规，农民工工资享有优先受偿权。在工程项目中，如果工程款（包括材料款和人工费）不足以支付全部债务时，农民工工资应优先支付。
- 在这种情况下，如果材料款被用于保障农民工工资的支付，且不影响其他债权人的合法权益，那么这一行为可以视为合法且合理的。
实际操作中的考量：
- 在实际操作中，如果材料款已经支付到项目账户，且项目方确实存在拖欠农民工工资的情况，为了维护社会稳定和农民工的合法权益，经相关部门同意或监管下，将部分材料款用于支付工资可能是必要的和合法的。
- 但这种操作需要谨慎处理，确保不损害其他债权人的利益，且符合相关法律法规的规定。
综上所述，将材料款用于支付农民工工资是否合法，需要根据具体的合同约定、法律法规以及实际操作中的情况来综合判断。如果你面临这样的情况或疑问，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。