公司以农民工的方式付工程款是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律角度
工程款支付规定：
- 根据相关法律法规，工程款应当按照合同约定的方式和时间进行支付。通常，工程款会直接支付给承包方或施工方，而不是以其他非合同约定的方式支付。
- 如果公司试图通过以农民工的方式支付工程款，这很可能违反了合同约定和法律规定，因为这种方式可能绕过了正常的财务和税务流程，导致资金流向不透明，甚至可能涉及偷税漏税等违法行为。
农民工工资支付规定：
- 农民工工资应当按月足额支付，且应当直接支付给农民工本人，不得以其他形式代发。
- 如果公司将工程款以农民工工资的形式支付，但并未实际支付给农民工，或者支付金额与实际工程款不符，这将构成对农民工工资支付规定的违反，同时也可能损害农民工的合法权益。
二、实践角度
合同履行问题：
- 公司在签订工程合同时，通常会明确工程款的支付方式和时间。如果公司擅自改变支付方式，以农民工的方式支付工程款，这将构成对合同约定的违反，可能导致合同纠纷和法律责任。
税务和财务问题：
- 以农民工的方式支付工程款可能涉及税务和财务方面的违规行为。例如，如果公司未将这部分款项纳入正常的财务和税务流程，可能导致偷税漏税等违法行为，进而面临税务部门的处罚。
农民工权益保护：
- 农民工是弱势群体，他们的合法权益应当得到保护。如果公司以农民工的方式支付工程款，但并未实际保障农民工的权益，如未按时足额支付工资、未提供必要的劳动保护等，这将损害农民工的合法权益，并可能引发社会不稳定因素。
三、法律后果
合同纠纷：
- 如果公司以农民工的方式支付工程款导致合同纠纷，承包方或施工方可能要求公司承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
行政处罚：
- 如果公司的行为违反了相关法律法规，如税务法规、劳动法规等，可能面临行政部门的处罚，包括罚款、吊销营业执照等。
刑事责任：
- 在严重情况下，如果公司的行为构成犯罪，如偷税漏税罪、诈骗罪等，相关责任人员可能面临刑事责任。
建议：公司应当严格遵守合同约定和法律规定，按照正常的方式和时间支付工程款。如果公司确实需要改变支付方式或时间，应当与承包方或施工方进行协商，并签订补充协议进行明确。同时，公司也应当保障农民工的合法权益，按时足额支付工资，提供必要的劳动保护。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。