结论：对方公司欠工程款以代发工资形式是否违法，需结合具体情况判断，但通常这种做法存在法律风险，可能涉及违法。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系与合同约定
合同相对性原则：
- 工程款支付通常基于建设工程施工合同，合同双方为建设单位（发包方）和施工单位（承包方）。工资支付则基于劳动合同，合同双方为用人单位和劳动者。
- 若对方公司（发包方）直接以代发工资形式支付工程款，可能违反了合同相对性原则，即合同权利义务应仅在合同双方之间产生约束力。
合同约定内容：
- 如果建设工程施工合同中明确约定了工程款支付方式，且未提及以代发工资形式支付，那么对方公司的做法可能构成违约。
- 即便合同中有相关约定，也需审查该约定是否合法有效，是否违反了法律法规的强制性规定。
二、工资支付与税务合规
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。
- 如果对方公司以代发工资形式支付工程款，实际上是将工程款与工资支付混为一谈，可能违反了工资支付的相关规定。
税务合规问题：
- 工程款支付通常涉及增值税等税费的缴纳，而工资支付则涉及个人所得税的代扣代缴。
- 如果对方公司以代发工资形式支付工程款，可能导致税费缴纳混乱，存在偷逃税费的法律风险。
三、可能的法律后果
违约责任：
- 如果对方公司的做法构成违约，施工单位有权要求其按照合同约定支付工程款，并可能要求其承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
行政处罚：
- 如果对方公司的做法违反了工资支付或税务合规的相关规定，可能面临劳动保障行政部门或税务机关的行政处罚，如罚款、责令改正等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果对方公司的做法涉及偷逃税费等严重违法行为，可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
四、建议与措施
审查合同条款：
- 施工单位应仔细审查建设工程施工合同中的工程款支付条款，确保对方公司的支付方式符合合同约定。
沟通协商：
- 如果发现对方公司存在以代发工资形式支付工程款的情况，施工单位应及时与对方沟通协商，要求其按照合同约定支付工程款。
寻求法律帮助：
- 如果沟通协商无果，施工单位可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
进一步思考：在实际操作中，对方公司以代发工资形式支付工程款的情况可能较为复杂，涉及多个法律关系和利益主体。因此，在处理此类问题时，施工单位应谨慎行事，充分了解相关法律法规和合同约定，必要时可咨询专业律师的意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。