为公司代发工资时扣下自己的钱，这一行为是否违法，需要分情况讨论：
若未经公司同意擅自扣留：
- 法律性质：这种行为很可能构成职务侵占或挪用资金，具体取决于扣留的金额和性质。职务侵占是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。挪用资金则是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
- 法律后果：如果扣留的金额达到刑事立案标准，可能会面临刑事指控，包括有期徒刑、拘役或罚金等。即使金额未达到刑事立案标准，也可能面临公司的民事索赔，要求返还扣留的款项并可能承担违约责任。
若与公司有明确约定或经公司同意：
- 法律性质：在这种情况下，扣留自己的钱可能被视为一种合法的债务抵销或预先约定的薪酬调整。例如，如果公司欠你工资或其他款项，且双方同意用你代发的工资中的一部分来抵销这部分债务，那么这种行为就是合法的。
- 法律后果：只要这种约定或同意是真实、合法且有效的，你就不会面临法律责任。但为了避免未来可能出现的纠纷，建议将这种约定或同意以书面形式记录下来，并由双方签字确认。
额外建议：
- 保持透明沟通：无论何种情况，都建议与公司保持透明沟通，明确说明你的意图和做法，以避免误解和纠纷。
- 遵守法律法规：在处理工资和财务问题时，务必遵守相关的法律法规和公司规章制度，不要擅自行动或违反规定。
- 寻求法律帮助：如果你对某种行为是否合法存在疑问，或者面临法律纠纷和指控，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。
总结来说，为公司代发工资时扣下自己的钱是否违法，取决于你是否经过公司同意以及扣留的金额和性质。为了避免法律风险和纠纷，建议你在采取任何行动前都与公司进行充分沟通并遵守相关法律法规。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。