工程担保替代农民工工资保证金是否合法，需分情况讨论：

1. 若符合地方性法规或政策规定，则合法
   部分地区已出台政策允许工程担保（如银行保函、工程保证保险）替代农民工工资保证金。例如，某些省份明确规定，建设单位或施工单位可通过提供等额的工程担保，免缴工资保证金。此类政策通常旨在减轻企业资金压力，同时保障农民工权益。
   关键点：需严格遵循地方具体规定，包括担保形式、金额、期限等要求。若地方政策明确允许替代，且担保符合条件，则合法有效。

2. 若地方未明确允许，则可能不合法
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十二条，施工总承包单位应存储工资保证金或提供金融机构保函。若地方未出台替代政策，直接以工程担保替代可能违反条例，面临行政处罚（如责令限期改正、罚款等）。
   例外情形：若工程担保属于“金融机构保函”范畴（如银行出具的保函），且地方未禁止，可能被认定为合法。但需注意，工程担保与金融机构保函在主体、风险承担上可能存在差异，需具体分析。

3. 实践中的操作建议

   • 核查地方政策：优先咨询当地人社部门或住建部门，确认是否允许工程担保替代工资保证金，及具体操作流程。
     
   • 确保担保效力：若选择工程担保，需确保担保方（如保险公司、担保公司）资质合法，担保条款覆盖工资支付风险，避免因担保无效导致责任承担。
     
   • 保留书面证据：与发包方、担保方签订书面协议，明确替代关系及责任划分，防止纠纷。

法律后果提示：
若未经允许擅自替代，可能面临：

• 行政处罚：责令补缴工资保证金，并处以罚款（如《保障农民工工资支付条例》第五十五条）；
  
• 民事责任：若农民工工资未支付，施工总承包单位仍需承担清偿责任，担保方可能因担保无效被追责。

总结：工程担保替代农民工工资保证金的合法性取决于地方政策。建议操作前详细核查当地规定，确保担保形式、金额等符合要求，并保留完整证据链。如有疑问，可直接向我咨询具体地区的操作细节。