借资质扣农民工保证金是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
资质借用行为的违法性：
- 在建筑领域，资质是衡量企业能否承担特定工程的重要标准。借用资质，即无资质或低资质的企业或个人通过挂靠、出借等方式，使用有资质企业的名义承接工程，这种行为本身就违反了《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规。
- 资质借用不仅扰乱了建筑市场的正常秩序，还可能因实际施工能力不足而导致工程质量问题，进而损害农民工等弱势群体的利益。
扣农民工保证金的违法性：
- 农民工保证金是用于保障农民工工资支付的一种制度安排，其目的在于确保农民工能够按时足额获得劳动报酬。
- 扣农民工保证金，无论是出于何种原因，都违反了保障农民工工资支付的相关法律法规，如《保障农民工工资支付条例》等。这些法规明确规定了农民工工资的支付方式和保障措施，扣保证金显然与之相悖。
二、实际操作角度
合同无效性：
- 如果借资质的行为被揭露，那么基于该资质签订的工程合同可能会被认定为无效合同。因为合同的基础（即资质）是违法的，所以合同本身也失去了法律效力。
- 在无效合同的情况下，任何一方都不能依据合同条款来主张权利或履行义务，包括扣农民工保证金这样的行为。
法律责任：
- 借资质和扣农民工保证金的行为，一旦被发现，相关责任主体（如出借资质的企业、借用资质的个人或企业）可能会面临行政处罚，如罚款、吊销资质等。
- 如果因这些行为导致农民工工资无法支付，相关责任主体还可能承担民事赔偿责任，甚至可能因涉嫌拒不支付劳动报酬罪等刑事犯罪而被追究刑事责任。
三、建议与后果
建议：
- 对于企业而言，应严格遵守相关法律法规，不得出借或借用资质。同时，应建立健全的工资支付制度，确保农民工能够按时足额获得劳动报酬。
- 对于农民工而言，如果遇到工资被拖欠或保证金被扣的情况，应及时向相关部门投诉或寻求法律援助。
后果：
- 借资质扣农民工保证金的行为，不仅可能导致合同无效、面临行政处罚和民事赔偿责任，还可能对企业的声誉和长期发展造成严重影响。
- 对于个人而言，这种行为也可能导致个人信用受损，甚至可能面临刑事处罚。
借资质扣农民工保证金是不合法的，且可能带来严重的法律后果。如果您或您身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。