扣农民工质保金违反了《中华人民共和国劳动合同法》以及《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国劳动合同法》：该法明确规定了劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。扣农民工质保金，实际上是对农民工劳动报酬的一种克扣或拖欠，违反了该法的规定。
   • 《保障农民工工资支付条例》：该条例是专门为了保障农民工工资支付而制定的，其中明确规定，任何单位和个人不得拖欠农民工工资，也不得以其他形式克扣农民工工资。扣质保金显然属于克扣工资的一种形式，因此也违反了该条例的规定。

2. 法律后果：

   • 用人单位如果扣农民工质保金，将面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于责令限期支付劳动报酬、加付赔偿金等。
   • 在严重情况下，如果用人单位的行为构成拒不支付劳动报酬罪，还可能面临刑事处罚。

3. 实际操作建议：

   • 农民工角度：如果遭遇扣质保金的情况，农民工应首先与用人单位进行协商，要求支付被扣的质保金。如果协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉，寻求帮助。
   • 用人单位角度：用人单位应严格遵守相关法律法规，不得扣农民工质保金或其他形式的工资。如果确实需要设立质保金制度，应确保该制度合法合规，并明确告知农民工相关权益和义务。

4. 案例参考：

   • 在实际案例中，已有不少用人单位因扣农民工质保金而被劳动行政部门处罚的先例。这些案例表明，扣质保金是违法行为，用人单位应引以为戒。

综上所述，扣农民工质保金是违反法律法规的行为，用人单位应严格遵守相关法律法规，保障农民工的合法权益。如果农民工遭遇此类情况，应积极维护自己的权益，向相关部门投诉或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。