农民工的质保金是否该扣，不能一概而论，需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、质保金的性质与目的
质保金，通常是为了确保工程质量，在工程款中预留的一部分资金。其目的在于，如果工程在质保期内出现质量问题，发包方可以使用这部分资金进行维修或赔偿。对于农民工而言，他们参与的是工程建设，但质保金的扣留与支付，往往与他们与发包方或承包方的合同关系紧密相关。
二、合同约定
如果合同中有明确约定：关于质保金的扣留、比例、支付条件等，那么双方应严格按照合同执行。如果合同中明确规定了农民工的工资中需要扣留一部分作为质保金，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么从合同法的角度来看，这种扣留是合法的。但需要注意的是，即使合同中有约定，如果质保金的扣留比例过高或支付条件过于苛刻，也可能因显失公平而被法院或仲裁机构调整。
如果合同中没有明确约定：或者约定不明确，那么发包方或承包方单方面扣留农民工的质保金就可能缺乏法律依据。在这种情况下，农民工有权要求发包方或承包方支付被扣留的质保金，并可能通过法律途径维护自己的权益。
三、法律法规的强制性规定
根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位（包括发包方和承包方）应当按时足额支付劳动者的工资，不得克扣或者无故拖欠。虽然这些法律法规没有直接规定质保金的扣留问题，但它们为劳动者提供了基本的工资保障。如果质保金的扣留导致农民工的工资低于当地最低工资标准，或者影响了农民工的正常生活，那么这种扣留就可能违反了法律法规的强制性规定。
四、实际操作中的建议
审查合同：农民工在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于质保金的条款，确保自己的权益不受侵害。如果合同中有不明确或显失公平的条款，应及时与发包方或承包方协商修改。
保留证据：如果农民工认为自己的质保金被非法扣留，应保留好相关证据，如工资条、合同、工作记录等，以便在需要时通过法律途径维护自己的权益。
寻求法律援助：如果农民工在维权过程中遇到困难，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更专业的法律建议和帮助。
总结来说，农民工的质保金是否该扣，需根据合同约定和法律法规的强制性规定来判断。如果合同中有明确约定且不违反法律法规，那么扣留质保金可能是合法的；如果合同中没有约定或约定不明确，或者扣留行为违反了法律法规的强制性规定，那么农民工有权要求支付被扣留的质保金。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。