工程质保金的扣除方式主要有两种：逐次扣留和一次性扣留。

1. 逐次扣留：

   • 这种方式是在支付工程进度款时，发包人按比例逐次扣留质保金。
   • 这是实践中发包人最经常采用的质保金扣留方式。
   • 但如果承包人已按合同约定提交履约保证金，逐次扣留方式可能与竣工前已缴纳履约保证金不得同时预留工程质保金的规定发生冲突。

2. 一次性扣留：

   • 这种方式是在工程竣工结算时，发包人一次性扣留质量保证金。
   • 从合法性考虑，这种方式更为稳妥，或采用在工程竣工验收合格后，要求承包人提交质量保函的方式。

质保金的主要功能：

• 质保金是为了落实项目工程在缺陷责任期内的维修责任。
• 当项目工程建设质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定时，质保金将用于维修。
• 质保金按项目工程价款结算总额乘以合同约定的比例（一般为5%）由建设单位从施工企业工程计量拨款中直接扣留，且一般不计算利息。

质保金的返还：

• 缺陷责任期一般为六个月、十二个月或二十四个月，具体可由发、承包双方在合同中约定。
• 发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于规定时间内会同承包人按照合同约定的内容进行核实，如无异议，应按时返还保证金。
• 如果发包人逾期支付，需要按照同期银行贷款利率计付利息，并承担违约责任。

总的来说，工程质保金的扣除方式需根据合同双方的具体约定来确定，并应遵守相关法律法规的规定。在扣除质保金时，应确保合法、合理，并保障双方的权益。