企业违法收取农民工工资保证金，主要违反了关于工资保证金管理的相关规定以及可能涉及违反劳动保障监察的相关纪律。以下从几个方面进行详细分析：
违反工资保证金管理规定：
- 根据相关规定，工资保证金是为了保障农民工工资支付而设立的一种专项资金，其收取、使用和管理都有严格的规定。企业如果未经批准或违反规定程序擅自收取农民工工资保证金，就构成了对工资保证金管理规定的违反。
- 具体来说，企业可能违反了关于工资保证金缴纳比例、缴纳方式、使用条件、退还程序等方面的规定。这些规定通常由地方政府或相关部门制定，旨在保护农民工的合法权益，确保工资支付的及时性和稳定性。
违反劳动保障监察纪律：
- 劳动保障监察是劳动行政部门对用人单位遵守劳动保障法律、法规、规章情况进行监督检查，并对违法行为进行查处的行政执法活动。企业违法收取农民工工资保证金，可能同时违反了劳动保障监察的相关纪律。
- 劳动保障监察部门有权对企业进行监督检查，发现违法行为后，可以依法进行处罚，包括责令改正、罚款、没收违法所得等。因此，企业违法收取工资保证金，可能面临劳动保障监察部门的处罚。
可能涉及的其他法律责任：
- 除了上述违反工资保证金管理规定和劳动保障监察纪律外，企业违法收取农民工工资保证金还可能涉及其他法律责任。例如，如果企业以非法占有为目的，通过欺骗、胁迫等手段收取工资保证金，可能构成诈骗罪或敲诈勒索罪等刑事犯罪。
- 此外，如果企业收取工资保证金后未按照约定或规定使用，导致农民工工资无法按时支付，还可能承担民事赔偿责任。
法律建议：
- 对于企业而言，应当严格遵守关于工资保证金管理的相关规定，不得擅自收取或挪用工资保证金。如果确实需要收取工资保证金，应当按照规定程序申请并获得批准，同时确保资金的使用符合规定。
- 对于农民工而言，如果发现企业违法收取工资保证金，可以向当地劳动保障监察部门投诉举报，维护自己的合法权益。同时，也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。
可能后果：
- 企业如果违法收取农民工工资保证金，可能面临劳动保障监察部门的处罚，包括罚款、没收违法所得等。同时，还可能影响企业的信誉和形象，对企业的长期发展产生不利影响。
- 对于农民工而言，如果企业违法收取工资保证金导致工资无法按时支付，农民工可以通过法律途径维权，要求企业承担民事赔偿责任。
总之，企业违法收取农民工工资保证金是一种违法行为，不仅违反了相关规定和纪律，还可能承担法律责任。因此，企业应当严格遵守相关规定，农民工也应当积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。