企业收取员工保证金是违法的。这一结论主要基于以下法律分析和理由：
法律明确规定禁止：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位在招用劳动者时，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这一规定直接且明确地禁止了企业收取员工保证金的行为。
- 同时，《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条进一步规定，对于违反上述规定的企业，即以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
侵犯劳动者权益：
- 企业收取保证金实质上是对劳动者财产权益的一种侵害。劳动者的收入是其合法劳动所得，企业无权随意扣押或占有。这种行为限制了员工对其个人财产的自由支配权，可能导致员工在紧急情况下无法及时使用自己的资金。
- 此外，收取保证金还可能成为员工离职时的障碍，限制员工的流动自由。员工为了拿回保证金，可能会选择继续留在企业，即使他们已经有了更好的职业发展机会，这不利于劳动力的合理流动和人才市场的健康发展。
违背劳动关系本质：
- 劳动关系应当建立在平等、自愿和协商一致的基础之上。企业收取保证金的行为可能会使劳动者在订立和履行劳动合同时处于不利地位，影响其自主择业权和其它合法权益的正常行使，这与劳动关系的本质相悖。
针对此问题的法律建议：
对劳动者的建议：
- 面对企业收取保证金的情况，劳动者有权拒绝支付，并可向当地的劳动行政部门进行投诉。劳动行政部门将责令企业限期退还保证金，并可能对企业给予相应的处罚。
- 劳动者还可以通过劳动仲裁或提起诉讼等法律途径来维护自己的权益。如果因企业收取保证金给劳动者造成了损害，劳动者还有权要求企业承担赔偿责任。
对企业的建议：
- 企业应严格遵守相关法律法规，不得向劳动者收取任何形式的保证金或担保费用。企业应通过提供优质的薪酬福利、职业发展机会和工作环境来吸引和留住员工，而不是通过不合法的手段来限制员工。
- 如果企业希望确保员工的忠诚度和遵守公司规章制度，可以采取合法且有效的方式来管理员工关系，如建立完善的绩效考核制度、设立激励机制等。
综上所述，企业收取员工保证金是违法的，不仅违反了《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，还可能侵犯员工的财产权益和限制其流动自由。劳动者和企业都应充分了解相关法律规定，确保劳动关系的合法性和公平性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。