关于农民工保证金交给甲方是否合法的问题，结论需分情况讨论：

1. 若保证金属于工程质量保证金或履约保证金范畴，且符合法定比例与程序
   根据《建设工程质量保证金管理办法》第七条，发包人（甲方）可按工程价款结算总额的3%预留工程质量保证金，但需通过专用账户托管，且不得以其他名义变相收取。若甲方要求农民工工资保证金以该形式缴纳，需满足两点：

   • 保证金比例未超3%；
     
   • 资金进入专用账户并接受监管。
     若符合上述条件，则合法；否则可能涉嫌违规收费。

2. 若保证金专用于保障农民工工资支付，且由政府或第三方监管
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十二条，施工总承包单位需在银行开设农民工工资专用账户，并存储工资保证金（或提供保函）。该保证金应由施工方缴纳，甲方无权直接收取。若甲方强制要求农民工或施工方将保证金交至甲方账户，可能涉及以下违法情形：

   • 违反《条例》中“专用账户管理”规定；
     
   • 涉嫌挪用、截留工资保证金（若甲方实际控制资金）。

3. 若保证金性质为“押金”或“风险金”，且无合同依据
   根据《劳动合同法》第九条，用人单位（包括甲方作为发包方）不得以任何名义收取劳动者财物。若甲方以“保证金”名义要求农民工个人缴纳押金，直接违法，农民工有权拒绝并投诉至劳动监察部门。

法律建议：

• 核实保证金性质：要求甲方出具书面文件，明确保证金用途、比例、监管方式及退还条件；
  
• 检查资金流向：若保证金需缴纳，确认是否进入政府指定监管账户或银行专用账户；
  
• 保留证据：保存缴费凭证、合同条款、沟通记录等，以备维权；
  
• 维权途径：若发现甲方违规收取保证金，可向当地劳动保障监察机构举报，或通过劳动仲裁、诉讼主张返还。

风险提示：
若甲方将保证金用于非约定用途（如挪作工程款、个人使用），可能构成刑事犯罪（如挪用资金罪），但需以实际损失和资金流向为前提。建议优先通过行政投诉解决，降低维权成本。

如有进一步细节（如保证金金额、缴纳主体、合同条款等），可直接向我咨询，我会结合具体情形分析风险点。