结论：农民工保证金交给甲方公户由甲方统一缴纳是否合法，需根据具体情况判断，包括保证金性质、缴纳规定及双方约定等因素。以下从不同角度进行分析：
一、保证金性质与缴纳规定
保证金性质：
- 农民工保证金通常是为了保障农民工工资支付而设立的一种专项资金。其性质可能因地区和具体政策而异，但核心目的在于确保农民工能够按时足额获得工资。
缴纳规定：
- 根据相关法律法规和政策，农民工保证金的缴纳主体、缴纳比例、缴纳方式等可能因地区和行业而有所不同。一般来说，保证金可能由建设单位（甲方）或施工单位（乙方）缴纳，或者双方共同缴纳。
- 若政策或合同明确规定保证金应由乙方（施工单位）直接缴纳至指定账户，而甲方要求乙方将保证金交至其公户再由甲方统一缴纳，则可能违反相关规定，除非有合法依据或双方另有约定。
二、双方约定与合同条款
双方约定：
- 如果甲方和乙方在合同中明确约定了保证金由乙方交至甲方公户，再由甲方统一缴纳的方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种缴纳方式可能是合法的。
- 然而，即使合同中有此类约定，也应确保该约定不会损害农民工的合法权益，如确保保证金能够专款专用，及时用于支付农民工工资等。
合同条款审查：
- 在审查合同条款时，应特别注意保证金缴纳、使用、退还等方面的规定，确保这些条款合法、合理且明确。
- 如果合同条款存在模糊或不明确之处，应及时与对方协商补充或修改，以避免潜在的法律风险。
三、法律后果与风险防范
法律后果：
- 如果甲方未经乙方同意或违反法律法规规定，擅自要求乙方将保证金交至其公户再由甲方统一缴纳，可能面临法律责任，如被要求返还保证金、支付违约金或赔偿损失等。
- 同时，如果这种缴纳方式导致农民工工资无法按时足额支付，甲方还可能面临行政处罚或刑事责任。
风险防范：
- 为避免潜在的法律风险，建议甲方和乙方在签订合同时明确保证金的缴纳方式、账户信息、使用条件等关键条款。
- 双方应定期对保证金的缴纳和使用情况进行核对和确认，确保保证金能够专款专用，及时用于支付农民工工资。
- 如遇争议或问题，应及时咨询专业律师或相关机构，以维护自身合法权益。
建议：在实际操作中，甲方和乙方应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保农民工保证金的缴纳和使用合法、合规。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。