关于农民工工资保障金的缴纳问题，这是一个涉及法律法规及实际操作的重要事项。以下是我为您提供的详细解答：

一、缴纳主体

农民工工资保障金主要由施工总承包单位来缴纳。这是根据《工程建设领域农民工工资保证金规定》等相关法律法规明确规定的。施工总承包单位在承包工程时，需按照工程施工合同额的一定比例（具体比例因地区而异，通常为2%）存储农民工工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。

二、缴纳责任与协商空间

1. 施工总承包单位的责任：作为农民工的直接管理方，施工总承包单位负有保障农民工合法权益的重要责任，包括按时足额支付工资。因此，缴纳农民工工资保证金是其法定义务。

2. 甲乙双方的协商：尽管法规规定了施工总承包单位的缴纳义务，但在实际操作中，甲方（业主或出资人）与施工总承包单位可通过合同协议，就保证金的缴纳责权进行协商。例如，双方可以约定由建设单位从应付工程款中代扣代缴存工资保证金。然而，这种协商不得违背保障农民工工资权益的基本原则，且施工总承包单位仍为法定的缴纳责任主体。

三、特殊情形的处理

1. 分包单位替代缴纳：若施工总承包单位所承包工程发生转包、违法分包，导致拖欠农民工工资的，分包单位在承诺代施工总承包单位先行缴纳工资保证金的情况下，可以被允许替代缴纳。但此情况下，缴纳主体的法律责任仍归属于施工总承包单位。

2. 未按规定缴存的后果：若施工总承包单位未能按规定缴存农民工工资保证金，相关部门将依法采取一系列措施，包括但不限于责令限期改正、罚款等，以确保制度的严格执行和农民工权益的有效保护。

四、制度意义与实际应用

农民工工资保证金制度为农民工提供了法律上的保障，确保他们在付出劳动后能够按时足额获得工资报酬。同时，该制度也促使施工总承包单位规范用工行为，减少工资拖欠现象的发生，从而维护建筑市场的秩序和稳定。在实际应用中，该制度不仅保障了农民工的合法权益，还促进了建筑市场的健康发展和社会和谐稳定。

总结与建议：

农民工工资保证金制度是保障农民工合法权益的重要措施之一。施工总承包单位应严格遵守相关法律法规，按时足额缴存保证金。同时，建议相关部门加强监管力度，确保制度的落实和执行。对于农民工而言，了解这一制度也有助于维护自身的合法权益。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时查阅国务院及相关部门发布的关于农民工保证金的规定或咨询专业律师。