结论前置：关于农民工保证金，建设单位和施工单位是否都需要缴纳的问题，一般情况下，主要是施工总承包单位需要缴纳农民工工资保证金，而建设单位则需提供工程款支付担保并确保人工费用按时足额拨付，不直接缴纳工资保证金，但在特定情境下，建设单位也可能涉及相关保证金的缴纳或管理责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、施工总承包单位的缴纳义务
缴纳依据：
- 根据《保障农民工工资支付条例》及相关配套规定，如《工程建设领域农民工工资保证金规定》，施工总承包单位（含直接承包建设单位发包工程的专业承包企业）在工程建设领域需存储工资保证金。
缴纳目的：
- 工资保证金的主要目的是在建筑企业未能及时支付农民工工资时，能够动用该保证金来支付，从而有效保障农民工的合法权益。
缴纳标准与方式：
- 存储比例一般不低于工程施工合同额（或年度合同额）的1%，且不高于3%。此保证金可用银行类金融机构出具的银行保函替代，部分有条件的地区还可探索使用工程担保公司保函或工程保证保险作为替代方式。
二、建设单位的责任与义务
工程款支付担保：
- 根据《保障农民工工资支付条例》第二十四条，建设单位应当向施工单位提供工程款支付担保，并约定工程款计量周期、工程款进度结算办法以及人工费用拨付周期，其中人工费用拨付周期不得超过1个月。
不直接缴纳工资保证金：
- 建设单位通常不直接缴纳农民工工资保证金，但其有义务确保人工费用按时足额拨付给施工总承包单位，以间接保障农民工工资的支付。
特定情境下的责任：
- 在某些特定情境下，如建设单位与施工总承包单位之间的合同约定或地方政策要求，建设单位可能需承担一定的保证金缴纳或管理责任。但这并非普遍情况，需根据具体合同和地方政策来确定。
三、特殊情况与处理
减免与退还政策：
- 若施工总承包单位在2年内未发生拖欠农民工工资的情况，其新报建工程项目的农民工工资保证金可减免应缴金额的50%；若3年内未发生拖欠，则新报建工程项目可免缴保证金。
- 工程项目完工清场后，经公示无拖欠工资情况的，可申请退还保证金。
法律责任与处罚：
- 施工总承包单位如未按规定存储工资保证金，将面临人力资源社会保障行政部门的责令限期改正；逾期不改正者，将被责令项目停工，并处以罚款。情节严重者，还可能受到限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等处罚。
- 建设单位若未按规定提供工程款支付担保或确保人工费用按时足额拨付，同样需承担相应的法律责任。
四、实际操作建议
- 施工单位：应密切关注当地的相关政策和规定，了解具体的缴纳比例、存储方式等细节，以确保合规执行。同时，建立健全的财务管理制度，确保工程款的按时结算和农民工工资的按时支付。
- 建设单位：在签订工程施工合同时，应明确约定工程款支付担保、人工费用拨付周期等条款，并确保按时足额拨付人工费用。同时，关注施工总承包单位的工资支付情况，避免因施工单位拖欠工资而承担连带责任。
总结来说，虽然建设单位通常不直接缴纳农民工工资保证金，但其有义务提供工程款支付担保并确保人工费用按时足额拨付。而施工总承包单位则是农民工工资保证金的主要缴纳主体。在实际操作中，双方应密切关注相关政策变化，确保合规运营并维护农民工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。