结论：施工单位就同一项目签订两份合同，农民工保证金是否需要重复缴纳，需结合合同性质、地方规定及实际施工内容综合判断，通常无需重复缴纳，但需满足特定条件。

1. 合同性质与保证金缴纳的关联性

• 同一工程分阶段签约：若两份合同针对同一工程的不同阶段（如土建与装修），且保证金已按项目总造价足额缴纳，通常无需重复缴纳。但需确保两份合同均属于同一建设单位主导的连续工程，且保证金缴纳凭证可覆盖全部施工范围。
• 不同标段独立签约：若项目被划分为多个独立标段（如不同楼栋），且合同明确约定各标段保证金独立缴纳，则需按合同约定分别缴纳。但若地方规定明确“同一项目”保证金按整体计算，则可主张合并缴纳。

2. 地方性法规的优先适用

• 保证金缴纳比例的差异化规定：部分省份（如江苏、浙江）明确规定，保证金按项目合同总造价的固定比例缴纳（如1%-3%），且“同一项目”不因合同数量增加而重复缴纳。例如，江苏省《工程建设领域农民工工资保证金管理办法》第十条明确：“同一工程建设项目发生多次施工的，工资保证金按首次签订的施工合同核定缴纳。”
• 特殊情形下的豁免：若施工单位已提供银行保函、工程担保公司保函或工程信用保证保险等替代性担保方式，且担保金额覆盖全部合同义务，可申请免缴保证金。

3. 实际施工内容的重叠性判断

• 避免“同一工程重复担保”：若两份合同实际施工内容存在高度重叠（如同一班组同时负责两份合同范围内的作业），且保证金已按最高风险合同金额缴纳，可主张无需重复缴纳。此时需提供施工日志、工资发放记录等证据证明施工内容重叠。
• 分包与总包的责任划分：若施工单位作为总包方与分包方分别签约，且总包方已按总合同缴纳保证金，分包方原则上无需重复缴纳。但需确保分包合同明确约定保证金责任由总包方承担，且地方规定未禁止此类约定。

4. 实务操作建议

• 核查合同条款：优先审查两份合同中关于保证金缴纳的约定，若存在冲突或模糊条款，可主张按对施工单位有利的解释执行。
• 与建设单位协商：若地方规定未明确禁止重复缴纳，可与建设单位协商签订补充协议，明确保证金按项目整体缴纳，避免后续纠纷。
• 行政备案与异议处理：若建设单位要求重复缴纳，可向当地人社部门申请行政备案，说明两份合同属于同一项目，并提交合同、施工许可证等材料。若备案被拒，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

提示：农民工保证金缴纳涉及地方性法规与合同约定的双重约束，建议结合项目所在地具体规定及合同实际履行情况综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案例为您提供详细分析。