结论前置：建设单位以施工单位名义缴纳农民工保证金时，双方应签订一份内容详尽、权利义务明确的书面协议，以避免后续纠纷。以下是协议签订的具体要点和示例条款。

1. 协议核心要点

• 主体明确：协议需明确双方主体（建设单位、施工单位），并注明建设单位是实际缴纳方，施工单位是名义缴纳方。
• 保证金性质：明确保证金用途（如农民工工资保障）、金额、缴纳时间、缴纳方式（如银行转账、保函等）。
• 权利义务划分：
  • 建设单位：承担实际缴纳义务，确保资金来源合法，并保留缴纳凭证。
  • 施工单位：配合办理缴纳手续，但无需实际出资，需监督保证金使用情况。
• 违约责任：约定若一方未履行义务（如建设单位未按时缴纳、施工单位挪用保证金）的违约责任。
• 争议解决：明确争议解决方式（如仲裁或诉讼）及管辖地。

2. 协议示例条款

第一条 协议双方
甲方（建设单位）：_________
乙方（施工单位）：_________
鉴于甲方需以乙方名义缴纳农民工保证金，双方达成如下协议：

第二条 保证金缴纳

1. 甲方应于___年月日前，将保证金人民币___元汇入乙方指定账户，并备注“农民工保证金”。
   
2. 乙方应在收到款项后______日内，向劳动保障部门完成缴纳手续，并提供缴纳凭证复印件给甲方。
   

第三条 权利义务

1. 甲方权利义务：
   

    - 按时足额缴纳保证金；  
    - 监督保证金使用情况，乙方需配合提供相关材料。  
   

2. 乙方权利义务：
   

    - 仅作为名义缴纳方，不承担实际出资义务；  
    - 未经甲方书面同意，不得挪用或退还保证金。  
   

第四条 违约责任

1. 若甲方未按时缴纳，每逾期一日，按未缴金额的______%支付违约金。
   
2. 若乙方挪用保证金，需全额返还并赔偿甲方损失（包括但不限于利息、律师费等）。
   

第五条 争议解决
因本协议产生的争议，双方应协商解决；协商不成，提交______仲裁委员会仲裁。

第六条 协议生效
本协议一式两份，双方各执一份，自签字盖章之日起生效。

3. 注意事项

• 合法性审查：协议内容需符合《保障农民工工资支付条例》等法规，避免条款无效。
• 证据留存：双方应保留缴纳凭证、协议原件等，以备劳动保障部门检查。
• 动态调整：若工程进度或政策变化需调整保证金金额，应及时签订补充协议。

如有进一步疑问（如协议条款细化、地方政策差异等），可直接向我咨询。