农民工保证金一般是由总包单位负责缴纳，但在特定情况下施工单位也可能涉及。具体分析如下：

1. 总包单位的主责地位
   根据《保障农民工工资支付条例》及各地实施细则，工程建设领域实行总包单位代发工资制度，总包单位需开设农民工工资专用账户，并存储工资保证金（或提供银行保函）。这一制度设计旨在通过总包单位的统一管理，确保农民工工资支付链条的完整性，避免因分包单位资金链断裂或恶意拖欠导致的欠薪问题。例如，某省住建厅明确要求总包单位在开工前按工程合同价款的1%-3%存储保证金，或提供等额银行保函。

2. 施工单位的连带责任
   若总包单位将工程分包给具备资质的施工单位（分包单位），分包单位仍需配合总包单位完成工资支付流程，包括提供农民工考勤记录、工资表等材料。若分包单位直接雇佣农民工并拖欠工资，总包单位需先行清偿，再向分包单位追偿。此外，若分包单位为违法分包（如无资质、转包），则总包单位需承担全部工资支付责任，此时施工单位（违法分包方）可能因行政处罚或民事赔偿间接涉及保证金问题。

3. 特殊情形下的直接缴纳
   在部分地区试点中，建设单位（业主方）可能被要求直接缴纳保证金，作为对总包单位支付能力的补充保障。但此类情形需以地方性法规或合同约定为准，非普遍适用。例如，某市规定，若总包单位近三年内存在重大欠薪记录，建设单位需额外缴纳保证金。

实务建议：

• 总包单位应严格审核分包单位资质，避免违法分包；
  
• 施工单位（分包方）需规范用工管理，保留工资支付凭证；
  
• 若遇欠薪问题，农民工可向当地劳动监察部门投诉，或通过法律途径要求总包单位与分包单位承担连带责任。
  

如有具体案件或地方政策疑问，可进一步向我咨询。