农民工保证金应由施工总承包单位来缴纳。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律依据与定义

根据《工程建设领域农民工工资保证金规定》（人社部发〔2021〕65号），农民工工资保证金是施工总承包单位在银行设立并存储的专项资金，用于支付可能拖欠的农民工工资。这一制度旨在保障农民工的合法权益，确保他们能够及时获得劳动报酬。

二、缴纳主体与责任

1. 施工总承包单位的责任：

   • 农民工工资保证金是施工总承包单位在工程项目开工前的法定义务。
   • 施工总承包单位需按照工程施工合同额的一定比例（通常为2%）存储保证金。

2. 特殊情形的处理：

   • 分包单位替代缴纳：若施工总承包单位所承包工程发生转包、违法分包导致拖欠农民工工资，分包单位在承诺代施工总承包单位先行缴纳的情况下，可以替代缴纳。但法律责任仍归属于施工总承包单位。
   • 建设单位代扣：建设单位与施工总承包单位可在工程施工合同中约定，由建设单位从应付工程款中代扣代缴存保证金。这便于资金管理和监控，但法律责任同样归属于施工总承包单位。

三、未按规定缴存的后果

若施工总承包单位未能按规定缴存农民工工资保证金，相关部门将依法采取一系列措施，包括责令限期改正、罚款等，以确保制度严格执行和农民工权益得到有效保护。

四、总结与建议

农民工工资保证金制度是保障农民工合法权益的重要措施。施工总承包单位应严格遵守相关法律法规，按时足额缴存保证金。同时，建议相关部门加强监管力度，确保制度落实和执行。对于农民工而言，了解这一制度也有助于维护自身合法权益。

综上所述，农民工保证金应由施工总承包单位来缴纳，这是其法定义务，也是保障农民工权益的重要措施。