结论：工程结束且合同过期后，农民工保证金是否还需要缴纳，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。在大多数情况下，如果合同已经明确约定了保证金的退还条件，并且这些条件在工程结束和合同过期时已经满足，那么保证金应当予以退还，无需再缴纳。但如果合同中有特殊约定或者相关法律法规有特别规定，则可能需要按照约定或规定执行。
分析说明：
合同约定：
- 农民工保证金通常是为了确保农民工工资的按时支付而设立的。合同中会明确保证金的缴纳、使用和退还等条款。
- 如果合同中明确规定，在工程结束且合同过期后，保证金应予以退还，那么在这种情况下，保证金无需再缴纳，且应按照合同约定进行退还。
- 如果合同中有其他特殊约定，如保证金在工程结束后的一段时间内仍需保留以应对可能出现的工资纠纷等，那么就需要按照这些特殊约定来执行。
相关法律法规：
- 除了合同约定外，相关法律法规也可能对农民工保证金的缴纳和退还做出规定。
- 例如，某些地区可能出台了关于农民工工资保证金的具体管理办法，其中可能规定了保证金的缴纳比例、退还条件等。
- 如果相关法律法规有特别规定，且这些规定与合同约定不一致，那么可能需要按照法律法规的规定来执行。但通常情况下，合同约定与法律法规规定应保持一致，以维护合同的合法性和有效性。
特殊场景：
- 如果工程结束后，发现存在农民工工资未支付或存在其他纠纷的情况，那么保证金可能不会被立即退还，而是需要用于解决这些纠纷。在这种情况下，即使合同已经过期，也可能需要根据实际情况来决定是否继续保留保证金。
- 另外，如果合同中有关于保证金续缴或补充缴纳的条款，且这些条款在工程结束和合同过期时仍然有效，那么可能需要按照这些条款来执行。
行动建议：
- 首先，仔细审查合同中的相关条款，特别是关于保证金的缴纳、使用和退还等条款，以明确双方的权利和义务。
- 其次，了解并遵守相关法律法规的规定，确保保证金的缴纳和退还符合法律要求。
- 如果对合同条款或相关法律法规存在疑问或不确定的地方，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取准确的法律意见。
后续思考依据：
- 在处理类似问题时，应充分考虑合同的具体约定和相关法律法规的规定，以确保处理结果的合法性和合理性。
- 同时，也应注意保护农民工的合法权益，确保他们的工资能够按时支付，避免因保证金问题而引发不必要的纠纷和损失。
如有其他关于合同纠纷或劳动工伤方面的法律问题，可以直接向我咨询。