工程结束后，单位仍然需要保留农民工的工资清单。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 法律法规要求：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，用人单位应当按照工资支付周期编制书面工资支付台账，并至少保存3年。这意味着，即使工程结束，单位也有义务保留农民工的工资清单，以备查验。工资清单作为工资支付台账的重要组成部分，记录了农民工的工资支付情况，是保障农民工权益的重要依据。

2. 权益保障角度：

   • 保留工资清单有助于农民工在需要时维护自己的合法权益。如果农民工对工资支付有疑问或争议，工资清单可以作为证据，帮助农民工证明自己的工资收入情况，从而维护自己的合法权益。同时，对于单位而言，保留工资清单也是履行社会责任、保障农民工权益的重要体现。

3. 审计与监管需求：

   • 政府部门或相关机构可能对单位的工资支付情况进行审计或监管。保留工资清单有助于单位应对这些审计或监管，证明自己的工资支付行为符合法律法规要求，避免因工资支付问题而引发的法律风险。

4. 实际操作建议：

   • 单位应建立完善的工资支付管理制度，明确工资清单的编制、保存和查验流程。同时，应定期对工资清单进行整理和归档，确保工资清单的完整性和准确性。在工程结束后，单位应继续保留工资清单，直至法律法规规定的保存期限届满。

若单位未按规定保留工资清单，可能会面临以下法律后果：

• 政府部门可能对单位进行处罚，包括罚款、责令改正等。
• 在农民工工资支付争议中，单位可能因无法提供工资清单而承担不利后果，如支付拖欠的工资、赔偿损失等。

因此，从法律法规要求、权益保障角度、审计与监管需求以及实际操作建议等多个方面来看，工程结束后单位仍然需要保留农民工的工资清单。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。