甲方在特定情况下可以代为支付农民工工资，但这并非其法律义务，且需确保手续合法合规。
法律法规赋予的情形：
- 根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，当建设单位（甲方）未按照合同约定及时拨付工程款，导致农民工工资被拖欠时，甲方有义务以未结清的工程款为限，先行垫付被拖欠的农民工工资。这是法律法规明确规定的甲方代付工资的情形。
合同约定的情形：
- 如果建设工程相关合同中明确约定了施工单位拖欠农民工工资时，甲方有代付的义务，那么甲方需按照合同约定履行代付责任。这种情形下的代付是基于合同双方的约定，具有法律约束力。
协商一致的情形：
- 即使无法律规定或合同约定，只要施工单位、甲方和农民工三方协商一致，达成由甲方代付工资的意见，甲方亦可以进行代付。这种情形下的代付是基于三方的自愿和协商一致，虽然不具有法律强制性，但具有法律上的效力。
在代付工资时，甲方应确保付款手续齐全、合法合规，并妥善保留相关证据，如农民工签字的工资支付表、银行转账记录等，以避免后续可能出现的纠纷。同时，甲方在代付后有权根据具体情况向施工单位进行追偿或扣除相应工程款。
综上所述，甲方在特定情况下可以代为支付农民工工资，但需确保手续合法合规，并保留好相关证据以维护自身权益。若遇工资拖欠问题，建议优先通过协商或法律途径解决，并注重证据的收集和保留。如有进一步的法律问题，可直接向我咨询。