结论：公司交给甲方的保证金委托甲方直接代付乙方的农民工工资，这一行为在法律上并非绝对禁止，但需满足一系列条件并遵循严格的程序，否则可能面临法律风险。以下从不同角度进行分析：

一、法律合规性角度

1. 合同约定：首先，公司、甲方和乙方之间需要就保证金代付工资事宜达成明确的合同约定。合同中应详细规定保证金的性质、金额、代付方式、时间、条件以及各方权利义务等，以确保各方对代付行为有清晰的认识和预期。

2. 法律授权：公司需确保甲方有合法的授权或依据来代付工资。这通常要求公司、甲方和乙方之间存在某种法律关系，如委托代理关系，且该关系需符合相关法律法规的规定。

3. 工资支付规定：根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》等法律法规，用人单位（即公司）有义务按时足额支付劳动者工资。若公司通过甲方代付工资，需确保这一行为不违反工资支付的相关规定，如不得克扣或无故拖欠工资。

二、实际操作角度

1. 资金安全：公司需确保保证金的安全，避免因甲方的不当行为（如挪用、侵占等）导致保证金损失，进而影响工资支付。为此，公司可以要求甲方提供担保或采取其他保障措施。

2. 监督与核实：公司应建立有效的监督机制，对甲方的代付行为进行监督和核实。这包括定期核对工资支付记录、要求甲方提供支付凭证等，以确保工资按时足额支付给乙方。

3. 风险应对：公司需制定风险应对措施，以应对可能出现的代付失败或纠纷。例如，可以约定在甲方无法履行代付义务时，由公司直接承担支付责任，或通过法律途径解决纠纷。

三、法律后果角度

1. 违约责任：若公司、甲方或乙方违反合同约定或相关法律法规，导致工资支付出现问题，违约方需承担相应的违约责任。这可能包括赔偿损失、支付违约金等。

2. 行政处罚：若公司的代付行为违反了工资支付的相关规定，如克扣或无故拖欠工资，劳动行政部门有权对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。

3. 刑事责任：在极端情况下，若公司的代付行为涉及诈骗、挪用资金等犯罪行为，相关责任人可能面临刑事追究。

建议：为确保公司交给甲方的保证金委托甲方直接代付乙方的农民工工资的合法性和安全性，公司应：

1. 与甲方和乙方签订详细的合同，明确各方权利义务和代付条件；
2. 确保甲方有合法的授权或依据来代付工资；
3. 建立有效的监督机制，对甲方的代付行为进行监督和核实；
4. 制定风险应对措施，以应对可能出现的代付失败或纠纷。

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