关于农民工工资保证金是由甲方还是乙方缴纳的问题，结论是由施工方（通常指乙方）缴纳。以下是对此结论的详细解释：

1. 缴纳主体的明确性：

   • 根据相关法律法规及政策要求，施工方在承包工程时，需按照一定比例存储农民工保证金，这项保证金专项用于支付农民工被拖欠的工资。这一规定明确了施工方作为农民工的直接管理方，负有保障其合法权益的重要责任。

2. 甲乙双方的协商空间：

   • 尽管法规规定了施工方的缴纳义务，但在实际操作中，甲方（业主或出资人）与施工方可通过合同协议，就保证金的缴纳责权进行协商。然而，这种协商不得违背保障农民工工资权益的基本原则，且施工方仍为法定的缴纳责任主体。

3. 缴纳与监管的具体规定：

   • 农民工保证金的缴纳比例因地区而异，具体数目由当地政府决定。工资保证金实行差异化存储办法，对未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生拖欠的单位则适当提高存储比例。
   • 建设工程项目审批行政部门负责通知并监督建设单位按照工程合同价款的相应比例向银行专户存储保证金，确保保证金的专款专用和有效监管。

4. 法律意义与实际应用：

   • 农民工保证金的缴纳制度为农民工提供了法律上的保障，确保他们能够及时足额获得工资报酬。
   • 该制度促使施工方规范用工行为，减少工资拖欠现象，维护建筑市场的秩序和稳定。

综上所述，农民工工资保证金主要由施工方（乙方）缴纳，这是法定的责任。甲乙双方虽然可以协商，但不得改变施工方作为缴纳责任主体的法律地位。如果您在实际操作中遇到相关问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。