农民工工资保证金应由施工总承包单位来缴纳，这是为了确保农民工的合法权益，避免因施工单位拖欠或无法支付工资而损害农民工的利益。以下是对这一问题的详细解答：
一、缴纳主体与责任
主要缴纳主体：
- 根据《工程建设领域农民工工资保证金规定》及《保障农民工工资支付条例》等相关规定，农民工工资保证金主要由施工总承包单位（包括直接承包建设单位发包工程的专业承包企业）来缴纳。这是施工总承包单位在工程项目开工前的法定义务。
特殊情况下的缴纳主体：
- 若施工总承包单位所承包工程发生转包、违法分包，导致拖欠农民工工资的，分包单位在承诺代施工总承包单位先行缴纳工资保证金的情况下，可以被允许替代缴纳。但此情况下，缴纳主体的法律责任仍归属于施工总承包单位。
- 建设单位与施工总承包单位也可在工程施工合同中约定，由建设单位从应付工程款中代扣代缴存工资保证金。这种安排便于资金的管理和监控，但缴纳主体的法律责任同样归属于施工总承包单位。
二、缴纳方式与比例
缴纳方式：
- 工资保证金可以通过银行保函、工程担保公司保函或现金等多种方式缴纳。其中，银行保函和工程担保公司保函因手续简便、不占用企业大量资金等优点而较为常见。
缴纳比例：
- 缴纳比例因地区而异，但一般不低于工程施工合同额的1%，且不超过3%。具体比例由各地根据实际情况确定。对于单个工程合同额较高的项目，可设定存储上限。总包单位有多个在建工程的，存储比例可适当下浮，但不得低于施工合同额的0.5%。施工合同额低于300万元的工程，可免除保证金。连续2年未发生工资拖欠的单位，其新增工程可降低比例，降幅不低于50%；连续3年未发生工资拖欠，则可免交工资保证金。
三、管理与使用
专款专用：
- 农民工工资保证金实行专款专用，仅用于清偿或先行清偿施工总承包单位所承包工程拖欠的农民工工资，不得挪作他用。
账户管理：
- 施工总承包单位应在工程所在地的银行存储工资保证金或申请开立银行保函。工资保证金账户内本金和利息归开户的施工总承包单位所有。在账户被监管期间，企业可自由提取和使用工资保证金的利息及其他合法收益。
四、法律责任
- 未按时缴纳处罚：
- 如果施工总承包单位未按时缴纳工资保证金，可能会面临警告、责令限期改正以及罚款等不同程度的行政处罚。
五、实际指导意义
农民工工资保证金制度是保障农民工工资权益的重要措施，有助于减少工资拖欠现象，维护社会稳定。施工总承包单位应严格遵守相关规定，按时足额缴纳工资保证金，并加强账户管理，确保资金安全有效使用。同时，政府相关部门也应加强监管力度，确保制度得到有效执行。
总结与建议：
农民工工资保证金制度对于保障农民工的合法权益具有重要意义。施工总承包单位应充分认识到这一制度的重要性，并严格遵守相关规定。如果在实际操作中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。