暂扣农民工资保证金在特定情况下是合法的。下面我将从法律角度详细解释这一问题：

法律依据

根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。这一规定旨在保障农民工的合法权益，确保他们能够及时获得应有的工资报酬。

合法性分析

1. 目的正当性：暂扣农民工资保证金的目的是为了保障农民工的工资权益，防止因施工单位拖欠工资而损害农民工的合法权益。这一目的具有正当性，符合社会公共利益。

2. 法律依据明确：暂扣农民工资保证金的行为有明确的法律依据，即《保障农民工工资支付条例》的相关规定。因此，该行为在法律上是合法的。

3. 程序合法性：在暂扣农民工资保证金时，必须按照法定程序进行，包括但不限于通知施工单位、告知农民工相关权益、确保资金安全等。只有遵循法定程序，才能确保该行为的合法性。

注意事项

虽然暂扣农民工资保证金在特定情况下是合法的，但也需要注意以下几点：

1. 严格依法行事：在暂扣农民工资保证金时，必须严格遵守相关法律法规，确保行为的合法性。

2. 保障资金安全：暂扣的工资保证金应当专款专用，确保资金的安全性和有效性。同时，相关部门应当加强监管，防止资金被挪用或滥用。

3. 及时支付工资：在施工单位履行完相关义务后，应当及时将暂扣的工资保证金支付给农民工，确保他们的合法权益得到及时保障。

综上所述，暂扣农民工资保证金在特定情况下是合法的，但也需要严格遵守相关法律法规和程序要求。如果您对此类问题有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。