工程保证金和农民工工资保证金虽然都是与工程建设相关的资金，但它们有不同的用途和管理规定，不能混淆使用。

首先，工程保证金，通常包括质量保修金和质量保证金，是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定的，用于保证工程质量和合同履行的一种资金。这部分资金在合同约定的条件满足前，比如工程质量保证期内未出现质量问题，是不可以被随意动用的，更不能用于支付农民工工资。只有发包方拖欠的工程款，在符合一定条件下，才可能用于支付农民工工资。

而农民工工资保证金，是专门为了保障农民工工资权益而设立的一种资金。根据《工程建设领域农民工工资保证金规定》，施工总承包单位需要在银行设立账户，并按照工程施工合同额的一定比例存储专项资金，用于支付可能发生的农民工被拖欠的工资。这种保证金是专项用于支付农民工工资的，一旦工程发生拖欠农民工工资的情况，人社部门可以依法责令施工总承包单位限期清偿或先行清偿，如果施工总承包单位到期拒不履行，人社部门可以向银行出具支付通知书，由银行从工资保证金账户中直接支付给被欠薪的农民工。

因此，工程保证金不可以用于发放农民工工资。工程保证金和农民工工资保证金有不同的用途和管理规定，必须严格按照规定使用和管理，以确保工程质量和农民工的合法权益。如果施工总承包单位未按照规定存储、补足农民工工资保证金，或者违法动用保证金，将面临相应的法律责任。