工程保证金在合法设立且符合相关规定的情况下是合法的。工程保证金是建设工程领域中常见的一种制度，旨在保障工程的顺利进行、工程质量以及农民工工资支付等。以下是对工程保证金合法性的详细分析：
一、工程保证金的种类及法律依据
工程保证金涵盖了多种类型，每种保证金均有其特定的法律依据和具体规定：
投标保证金：
- 法律依据：《中华人民共和国招标投标法实施条例》
- 具体规定：投标保证金不得超过招标项目估算价的2%，有效期与投标有效期一致。
履约保证金：
- 法律依据：《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例
- 具体规定：招标文件要求提交履约保证金的，中标人应按要求提交，金额不得超过中标合同金额的10%。
工程质量保证金：
- 法律依据：《建设工程质量保证金管理办法》
- 具体规定：发包人应在招标文件中明确保证金预留、返还等内容，并与承包人在合同中约定。保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。对于更长期的质保金（如超过缺陷责任期的部分），法律并未明确规定具体的比例上限，但合同双方约定的比例应合理，且不违反法律法规的强制性规定。
农民工工资保证金：
- 法律依据：《保障农民工工资支付条例》等
- 具体规定：施工总承包单位需按规定存储工资保证金，专项用于支付拖欠的农民工工资。实行差异化存储办法，可根据单位工资支付情况调整存储比例。
二、工程保证金的合法性分析
合同自由原则：
- 根据合同法的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，可以就工程保证金的比例、金额、使用范围、退还条件等进行协商并达成一致。只要这一约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，就应当认定为有效。
法律法规的灵活性：
- 虽然相关法律法规对工程保证金的比例、金额等有一定限制，但并未完全剥夺合同双方的协商空间。例如，对于工程质量保证金，虽然缺陷责任期内的预留比例有上限规定，但对于超出缺陷责任期的质保金部分，法律法规并未给出具体的比例限制。这为合同双方提供了更大的协商空间，只要双方约定的比例合理且不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。
行业惯例与实际情况：
- 在实践中，由于不同工程项目的性质、规模、风险程度等因素的差异，合同双方可能会根据实际情况约定不同的保证金比例和金额。例如，对于一些高风险、高难度的工程项目，发包人可能会要求承包人提供更高比例的质保金以确保工程质量。这种约定在符合法律法规的前提下，是合法且合理的。
三、注意事项
明确约定内容：
- 在签订合同时，双方应明确约定工程保证金的种类、比例、金额、使用范围、退还条件等关键条款，以避免后续产生纠纷。
遵守法律法规：
- 尽管合同双方有权就工程保证金进行协商，但仍需确保约定内容不违反法律法规的强制性规定。例如，投标保证金的比例不得超过招标项目估算价的2%，履约保证金的比例不得超过中标合同金额的10%等。
考虑项目实际情况：
- 在制定工程保证金比例和金额时，应充分考虑项目的性质、规模、风险程度等因素，以确保约定的合理性和可行性。
及时退还保证金：
- 当满足退还条件时，发包人应及时退还工程保证金给承包人，避免无故扣留或拖延退还。
总结来说，工程保证金在合法设立且符合相关规定的情况下是合法的。在实际操作中，建议合同双方在签订合同时明确约定工程保证金的相关事项，并确保遵守相关法律法规和规定。如有任何疑问或争议，可以直接向我咨询。