关于公司收取保证金付工程款是否合法的问题，这需要根据具体情况来详细分析：

1. 合法情况分析：

   • 基于合法合同约定：在建设工程领域，如果双方（发包方与承包方）在合同中明确约定了保证金条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司收取保证金作为工程款的一部分或作为履约保证，可能是合法的。这种保证金通常用于确保承包方按照合同约定履行义务，如按时完成工程、保证工程质量等。
   • 行业惯例与特殊需求：在某些特定情况下，如大型或复杂的工程项目中，发包方可能基于行业惯例或项目特殊需求，要求承包方缴纳一定数额的保证金。这种保证金在项目顺利完成后通常会予以退还，且其收取和使用应受到相关法律法规和行业规范的严格约束。

2. 不合法情况分析：

   • 无故或超额收取：如果公司无故收取保证金，或者收取的保证金数额明显超出合理范围，且没有合同依据或行业惯例支持，那么这种行为可能构成违法。特别是当保证金被用作非法目的，如挪用资金、欺诈等，更是严重违法。
   • 违反法律法规：根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位在招用劳动者时，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。虽然这一条款主要针对劳动关系，但在建设工程领域，如果公司以类似方式向承包方或劳务分包方收取保证金，且没有合法依据，也可能被视为违法。

3. 法律后果与应对措施：

   • 法律后果：如果公司收取保证金的行为被认定为违法，那么公司可能需要承担退还保证金、支付罚款等法律责任。同时，如果公司的行为给承包方或劳务分包方造成了损害，还应依法承担赔偿责任。
   • 应对措施：对于承包方或劳务分包方而言，如果认为公司收取保证金的行为违法或不合理，应首先与公司进行协商，要求退还保证金或调整保证金条款。如果协商无果，可以向当地建设行政主管部门投诉举报，或者通过法律途径提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。

建议：

• 在签订建设工程合同时，双方应明确约定保证金条款，包括保证金的数额、用途、退还条件等，以确保合同的合法性和有效性。
• 公司在收取保证金时，应确保有合法依据和合同约定，且保证金数额应合理，不得违反相关法律法规和行业规范。
• 如果遇到公司无故或超额收取保证金的情况，应及时向相关部门投诉举报或寻求法律帮助，以维护自身合法权益。

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