公司收取履约保证金在符合法律规定和双方协商一致的前提下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、履约保证金的定义与性质
履约保证金，本质上是一种金钱保证，旨在担保合同的一方能够全面、适当地履行合同义务。它并非法定的债务担保方式，但在实际交易中，因其灵活性和实用性，被广泛应用。履约保证金具有选择性、合法性和独立性等法律特征，其收取和使用需遵循合同自由原则，并确保不违反法律法规和公序良俗。
二、履约保证金的合法性依据
法律依据：
- 根据《民法典》的相关规定，当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。虽然此处提及的是“定金”，但履约保证金与定金在性质上相似，均用于担保合同的履行。只要双方协商一致，且不违反法律法规的强制性规定，收取履约保证金即具有合法性。
- 具体来说，《民法典》第五百八十六条规定：“当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。定金合同自实际交付定金时成立。定金的数额由当事人约定；但是，不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。”这一条款同样适用于履约保证金的约定，即履约保证金的金额一般不应超过合同标的额的20%。
双方合意：
- 履约保证金的收取、退还及违约处理等条件应经双方当事人协商一致，并在合同中明确约定。这是合同自由原则的体现，也是确保履约保证金合法性的关键。
三、履约保证金的合法情形
约定明确且合理：
- 合同双方需在平等、自愿、公平的基础上明确约定履约保证金的相关条款，包括金额、退还条件、违约处理等。这些条款应具体、明确，避免模糊不清或产生歧义。
- 收取的金额应在合理范围内，一般不超过合同标的额的20%。这是为了防止一方利用优势地位收取过高的履约保证金，从而损害另一方的利益。
行业惯例认可：
- 在某些特定行业中，如商业特许经营、建筑工程等，收取履约保证金可能是一种被广泛认可的商业惯例。只要这种惯例不违反法律法规的强制性规定，且双方当事人均表示接受，那么收取履约保证金即为合法有效。
四、履约保证金的不合法情形
缺乏明确约定：
- 如果合同中对履约保证金的性质、用途、退还条件等未作出明确约定或约定模糊不清，那么收取行为可能缺乏合法依据。在这种情况下，一旦发生争议，双方可能难以就履约保证金的处理达成一致意见。
变相收取高额费用：
- 如果一方以收取履约保证金为名，实际上获取不合理的高额利益或限制对方正常商业活动，那么这种行为可能构成违法。例如，收取过高的履约保证金作为进入市场的门槛，或者利用履约保证金进行资金占用等。
掩盖非法目的：
- 如果一方利用收取履约保证金掩盖合同诈骗等非法目的，那么这种行为显然是不合法的。在这种情况下，履约保证金只是非法行为的一个幌子，其本质是为了骗取对方的财物或达到其他非法目的。
五、法律建议与注意事项
明确约定：
- 在合同中应详细列明履约保证金的收取标准、退还条件、违约处理等事项。这有助于确保双方权益清晰，避免潜在的法律纠纷。
合理合法：
- 履约保证金的金额应合理且符合法律规定，不得过高或过低。同时，收取履约保证金的行为应遵守相关法律法规和行业规范，确保合法合规。
诚实守信：
- 双方当事人在履行合同过程中应遵守诚实信用原则，按约履行义务。如果一方违约或未能履行合同义务，那么应按照合同约定承担相应的违约责任，包括可能涉及的履约保证金的扣减或没收等。
及时咨询：
- 如果在收取或使用履约保证金的过程中遇到任何法律问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
综上所述，公司收取履约保证金在符合法律规定和双方协商一致的前提下是合法的。但务必注意约定的明确性、合理性和合法性，以防范潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。