公司指派由项目承包人支付工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若项目承包人具备用工主体资格：

   • 合法性分析：根据《劳动合同法》及相关规定，具备用工主体资格的单位或个人（如依法设立的公司、个体工商户等）可以独立承担用工责任，包括支付工资。若项目承包人本身是合法注册的企业或个体工商户，且与劳动者建立了劳动关系，那么由其支付工资是合法的。
   • 建议：在此情况下，劳动者应与项目承包人签订书面劳动合同，明确工资支付方式、时间等条款，以保障自身权益。

2. 若项目承包人不具备用工主体资格：

   • 合法性分析：根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》等规定，不具备用工主体资格的承包人（如个人承包者）招用劳动者，由具备用工主体资格的发包方（即公司）承担用工责任。因此，若项目承包人是个人或未依法注册的组织，公司指派其支付工资可能构成违法，因为此时公司仍需对劳动者的工资支付承担最终责任。
   • 法律后果：若公司违法指派不具备用工主体资格的承包人支付工资，导致劳动者工资未得到支付，劳动者有权要求公司承担支付责任，并可能依据《劳动合同法》等规定主张加班费、经济补偿等权益。
   • 建议：公司应避免将用工责任转嫁给不具备用工主体资格的承包人。若确实需要外包项目，应选择具备合法用工主体资格的承包人，并签订书面协议明确双方的权利义务，包括工资支付责任。同时，公司应加强对承包人的监督和管理，确保劳动者的权益得到保障。

额外提醒：

• 无论项目承包人是否具备用工主体资格，公司都应确保劳动者的工资得到及时、足额支付。这是公司的法定义务，也是维护劳动者权益和社会稳定的重要举措。
• 若劳动者遇到工资未得到支付的情况，应及时与公司或项目承包人沟通协商，要求支付工资。若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。

总结：公司指派由项目承包人支付工资是否合法，取决于项目承包人是否具备用工主体资格。若具备，则合法；若不具备，则公司仍需承担用工责任。在任何情况下，公司都应确保劳动者的工资得到及时、足额支付。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。