在合同纠纷等司法程序中，若被告对原告自行委托的鉴定有异议，通常是由被告来提出重新鉴定的申请。以下是对这一问题的详细分析：

1. 鉴定申请的提出：

   • 在诉讼过程中，鉴定通常是由一方当事人（如原告）自行委托或由法院指定进行。若原告自行委托了鉴定，并作为证据提交给法院，被告在收到该证据后，如果对其真实性、合法性或关联性有异议，特别是对鉴定结论有异议，被告有权提出重新鉴定的申请。

2. 重新鉴定的条件：

   • 被告提出重新鉴定申请时，需要满足一定的条件。这些条件通常包括：原鉴定结论存在明显错误、鉴定程序违法、鉴定机构或鉴定人不具备相应资质等。被告需要提供充分的证据或理由来支持其重新鉴定的申请。

3. 法院的审查与决定：

   • 法院在收到被告的重新鉴定申请后，会进行审查。审查的内容包括被告提出的异议是否合理、是否满足重新鉴定的条件等。如果法院认为被告的申请有理有据，且符合重新鉴定的条件，法院会同意重新鉴定，并指定新的鉴定机构或鉴定人进行鉴定。

4. 重新鉴定的程序：

   • 重新鉴定的程序通常与初次鉴定相似，包括鉴定机构的选定、鉴定材料的提交、鉴定过程的进行以及鉴定结论的出具等。在重新鉴定过程中，双方当事人都有权参与，并可以提出自己的意见和看法。

5. 法律后果：

   • 如果重新鉴定的结论与初次鉴定结论不同，法院在判决时会综合考虑两次鉴定的结论以及其他相关证据，来作出最终的判决。如果被告未能在规定时间内提出重新鉴定申请，或者其申请被法院驳回，那么法院可能会采纳原告提交的初次鉴定结论作为判决的依据。

建议：

• 作为被告，如果你对原告自行委托的鉴定有异议，应及时向法院提出重新鉴定的申请，并提供充分的证据或理由来支持你的申请。
• 在提出重新鉴定申请前，建议你先咨询专业律师，了解重新鉴定的条件、程序以及可能带来的法律后果，以便更好地维护自己的合法权益。

如果你在合同纠纷或司法行政方面有任何其他问题，也可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，为你提供全面、专业的法律建议。