对鉴定有异议并申请公安机关重新鉴定时，费用一般由公安机关承担，但特定情况下可能由申请人承担。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的费用承担
根据《公安机关办理行政案件程序规定》的相关规定，对经审查作为证据使用的鉴定意见，公安机关应当在收到鉴定意见之日起五日内将鉴定意见复印件送达违法嫌疑人和被侵害人。如果违法嫌疑人或者被侵害人对鉴定意见有异议，可以在收到鉴定意见复印件之日起三日内提出重新鉴定的申请，经县级以上公安机关负责人批准后，进行重新鉴定。重新鉴定以一次为限，且重新鉴定的费用一般由公安机关承担。这是因为公安机关在办理案件过程中，有责任确保所使用的证据真实、可靠，重新鉴定是公安机关履行这一责任的一部分。
二、特定情况下的费用承担
虽然重新鉴定的费用一般由公安机关承担，但也存在一些特定情况，费用可能由申请人承担。这些情况主要包括：
申请人故意损坏或遗失鉴定样本：如果申请人故意损坏或遗失了用于鉴定的样本，导致需要重新进行鉴定，那么由此产生的费用应当由申请人承担。
申请人无正当理由拒绝配合鉴定：如果申请人无正当理由拒绝配合鉴定工作，导致鉴定无法进行或需要重新进行，那么由此产生的费用也可能由申请人承担。
其他因申请人原因导致的重新鉴定：除了上述两种情况外，如果还有其他因申请人原因导致的重新鉴定，如申请人提供虚假信息等，那么由此产生的费用同样可能由申请人承担。
三、实际操作中的建议
及时提出异议并申请重新鉴定：如果对鉴定意见有异议，应当在规定的时间内及时提出，并申请重新鉴定。逾期提出的，公安机关可能不予受理。
配合鉴定工作：在鉴定过程中，应当积极配合鉴定机构的工作，提供必要的样本和信息。如果因个人原因导致鉴定无法进行或需要重新进行，可能会承担不必要的费用。
了解费用承担情况：在申请重新鉴定前，可以了解相关法律法规和公安机关的规定，明确费用承担的情况。如果有疑问或不确定的地方，可以向公安机关或专业律师咨询。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。