在被告申请重新鉴定后，鉴定结论发生更改的情况下，鉴定费的承担问题需根据具体情况来判断，一般有以下几种处理原则：
若重新鉴定结论与原鉴定结论存在实质性差异，且重新鉴定更符合客观事实：
- 在这种情况下，通常认为原鉴定存在错误或不足，因此原鉴定费用应由提出原鉴定的一方（可能是原告或被告，视具体情况而定）承担。
- 重新鉴定的费用，则可能由双方根据责任比例分担，或者由法院根据案件具体情况判决由哪一方承担。如果重新鉴定是因为原鉴定存在明显错误或不足而引发的，且该错误或不足对案件结果有重大影响，那么重新鉴定的费用更有可能由提出原鉴定的一方承担。
若重新鉴定结论与原鉴定结论基本一致，或差异不大：
- 在这种情况下，重新鉴定的费用通常由申请重新鉴定的一方（即被告）承担。因为重新鉴定并未改变原鉴定的基本结论，所以申请方应承担由此产生的额外费用。
若双方对鉴定结论的更改均有责任：
- 如果双方在案件过程中均有过错或责任，导致鉴定结论需要更改，那么重新鉴定的费用可能由双方根据责任比例分担。这需要法院根据案件的具体情况，包括双方的过错程度、对鉴定结论更改的影响等因素进行综合判断。
法律背景与建议：
- 法律背景：鉴定费作为诉讼费用的一部分，其承担原则通常遵循“谁主张、谁负担”的一般原则，但也会根据案件的具体情况和公平原则进行适当调整。在合同纠纷等民事案件中，鉴定费的承担往往与案件的责任划分、鉴定结论的采纳情况等因素密切相关。
- 法律建议：在处理此类问题时，建议当事人首先查阅相关法律法规和司法解释，了解鉴定费承担的一般原则和特殊情况。同时，积极与对方协商，寻求达成和解或调解协议，以减少诉讼成本和风险。如果协商无果，则应及时向法院提起诉讼或申请仲裁，并准备好相关证据材料以支持自己的主张。在诉讼过程中，应充分陈述自己的理由和依据，争取法院的支持和认可。
可能产生的法律后果：
- 如果法院判决某一方承担鉴定费，而该方未按时履行判决义务，则可能面临强制执行等法律后果。
- 鉴定费的承担问题也可能影响当事人对案件结果的接受程度和后续的执行工作。因此，在处理此类问题时，应充分考虑各种因素，确保判决结果的公正性和可执行性。