在被告申请重新鉴定的情况下，原告的配合费用一般由申请方即被告承担，但具体承担方式可能因案件具体情况和法院裁定而有所不同。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：申请方承担费用
在司法实践中，当被告申请重新鉴定时，通常意味着被告对原有的鉴定结果存在异议，并希望通过重新鉴定来获取更有利于自己的证据。根据一般的法律原则和诉讼实践，申请重新鉴定的一方（即被告）应当承担由此产生的费用，包括原告因配合重新鉴定而产生的合理费用。这些费用可能包括但不限于交通费、住宿费、误工费等，具体取决于重新鉴定的地点、时间以及原告因此遭受的实际损失。
二、特殊情况：法院裁定费用承担
尽管申请方承担费用是一般原则，但在某些特殊情况下，法院可能会根据案件的具体情况，对费用的承担方式作出不同的裁定。例如：
如果法院认为重新鉴定是必要的，且原告的配合对于鉴定的顺利进行至关重要，但原告因经济困难等原因无法承担配合费用时，法院可能会裁定被告先行垫付这些费用，或者在最终判决中考虑将这些费用纳入赔偿范围。
如果重新鉴定的结果对案件的判决产生了重大影响，且该影响有利于原告，法院可能会根据公平原则，裁定被告承担部分或全部原告的配合费用。
三、实际操作中的建议
保留相关证据：原告在配合重新鉴定时，应妥善保留所有与配合费用相关的证据，如交通费票据、住宿费发票、误工证明等。这些证据将有助于原告在后续诉讼中主张自己的权益。
及时与法院沟通：如果原告对费用的承担方式存在异议，或者认为被告应承担全部或部分配合费用，应及时与法院沟通，并提交相关证据和法律依据，以便法院在裁定时予以考虑。
咨询专业律师：在处理此类问题时，原告可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。律师可以根据案件的具体情况，为原告提供有针对性的法律策略和建议。
四、法律依据
虽然具体的费用承担方式可能因案件和法院的不同而有所差异，但《诉讼费用交纳办法》等相关法律法规为诉讼费用的承担提供了基本框架和原则。在实际操作中，法院会根据这些法律法规以及案件的具体情况，对费用的承担方式作出合理的裁定。
综上所述，被告申请重新鉴定时，原告的配合费用一般由被告承担，但具体承担方式可能因案件具体情况和法院裁定而有所不同。原告在处理此类问题时，应保留相关证据、及时与法院沟通，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。