结论：单位未足额支付项目奖金，您主动离职时能否申请补偿需分情况讨论，主要取决于单位是否存在“未及时足额支付劳动报酬”的违法行为，以及您离职时的操作是否符合法律要求。
1. 若单位行为构成“未及时足额支付劳动报酬”，您可依法解除合同并主张经济补偿
根据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条，若单位存在以下情形，您有权解除劳动合同并要求支付经济补偿：
- 未足额支付奖金：项目奖金属于劳动报酬的一部分，若单位未按约定或制度足额发放，构成违法行为；
- 经催告仍不支付：您需先向单位提出补发要求（如书面催告），单位在合理期限内仍未支付的，方可主张补偿；
- 补偿标准：按您在单位的工作年限，每满一年支付一个月工资（六个月以上不满一年按一年计算，不满六个月支付半个月工资）。
操作建议：
- 保留证据：收集劳动合同、奖金制度、项目成果证明、单位未足额支付的记录（如工资条、银行流水）等；
- 书面催告：通过邮件、书面函件等方式要求单位补发奖金，并留存送达证据；
- 解除合同：催告后单位仍不支付的，可向单位发送《解除劳动合同通知书》，明确因“未足额支付劳动报酬”而离职；
- 申请仲裁：向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张经济补偿及未支付的奖金。
2. 若单位行为不构成“未及时足额支付劳动报酬”，主动离职可能无法主张补偿
若单位未足额支付奖金存在合理理由（如项目未验收、奖金计算方式争议等），或您未履行催告程序直接离职，可能被认定为“主动辞职”，无法获得经济补偿。
例外情形：
- 单位恶意拖欠：若单位以非法目的（如逼迫离职）拒发奖金，即使未催告，也可能被认定为违法行为；
- 奖金性质争议：若奖金属于“非固定性收入”（如年终奖），需结合单位制度、双方约定判断是否属于“劳动报酬”，进而影响补偿主张。
3. 风险提示与实务建议
- 避免“冲动离职”：未履行催告程序或未保留证据直接离职，可能导致补偿主张被驳回；
- 奖金制度合法性：若单位奖金制度未经民主程序制定或未公示，可能被认定为无效，但您仍需证明奖金属于应发范围；
- 协商优先：可先与单位协商补发奖金，协商不成再通过法律途径解决，以降低维权成本。
总结：单位未足额支付项目奖金时，您能否通过主动离职获得补偿，关键在于单位行为是否构成违法及您是否依法履行了催告程序。建议先收集证据、书面催告，再根据单位反应决定是否解除合同并申请仲裁。如有疑问，可进一步向我咨询具体操作细节。