结论前置：公司仅支付三个月工资的做法是否合理，需根据您的具体情况来判断，包括癌症是否被认定为工伤、医疗期的长短以及公司支付工资的具体标准等因素。以下我将从不同角度为您详细分析。
一、癌症未被认定为工伤的情况
医疗期与工资支付：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，会根据实际参加工作年限和在本单位工作年限给予3个月到24个月的医疗期。对于癌症这类特殊疾病，医疗期通常为24个月。
- 在医疗期内，公司应当按照有关规定支付病假工资或疾病救济费，这些费用可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的80%。
工资支付标准：
- 医疗期在六个月以内者，公司应根据员工在本企业工龄的长短，发放病伤假期工资，数额一般为员工工资的60%至100%。
- 若医疗期连续超过六个月，则改由劳动保险基金项下按月付给疾病或非因工负伤救济费，数额为员工工资的40%至60%，直至员工能工作或确定为残废或死亡时止。
公司做法合理性判断：
- 如果公司仅支付了三个月工资，且未按照上述标准支付病假工资或疾病救济费，那么公司的做法可能不合理。您有权要求公司按照规定支付剩余医疗期内的工资或救济费。
二、癌症被认定为工伤的情况
停工留薪期与工资支付：
- 根据《工伤保险条例》，如果癌症被认定为工伤，职工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况可延长，但延长时间也不得超过12个月。
公司做法合理性判断：
- 如果癌症被认定为工伤，且公司仅支付了三个月工资，而停工留薪期尚未结束，那么公司的做法显然不合理。您有权要求公司继续支付停工留薪期内的原工资福利待遇。
三、应对措施与建议
与公司沟通：
- 首先，建议您与公司的人力资源部门进行沟通，明确表达自己的权益和诉求，同时了解公司支付工资的具体原因和依据。
收集证据：
- 保留好所有与公司的沟通记录、劳动合同、工资条、考勤记录、医院的诊断证明、病历、请假条等相关证据。这些证据在后续的法律程序中至关重要。
寻求法律援助：
- 如果与公司沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁或诉讼过程中，要清晰地陈述自己的诉求和理由，并提供充分的证据支持自己的主张。
最后，我理解您现在可能面临很大的经济和心理压力，但请相信法律会为您的权益提供保障。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会尽我所能为您提供专业的法律支持。