综合工时制员工在法定节假日上班，其制度依据主要来源于我国现行的劳动法律法规，具体来说，就是员工在法定节假日工作，用人单位需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。以下从几个方面进行详细分析：

一、法定节假日上班的工资支付规定

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

对于综合工时制员工而言，虽然其工作时间不按照标准工时制进行计算，但在法定节假日工作，仍然适用上述第三项的规定，即用人单位需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

二、综合工时制的特点与法定节假日上班的关系

综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许用人单位根据生产、工作的特点，采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方式。然而，这并不意味着用人单位可以随意安排员工在法定节假日工作而不支付相应的工资报酬。

在综合工时制下，员工的工作时间虽然可以在一定周期内进行灵活安排，但法定节假日是法定的休息日，员工有权享受休假。如果用人单位因生产、工作需要安排员工在法定节假日工作，必须依法支付加班费，即不低于工资的百分之三百的工资报酬。

三、实际操作中的注意事项

1. 确保劳动合同或规章制度中有明确规定：用人单位在与员工签订劳动合同时，或者制定规章制度时，应明确综合工时制的具体实施方式，包括法定节假日上班的工资支付标准等。
2. 准确计算加班费：用人单位在安排员工在法定节假日工作时，应准确计算员工的加班费，确保按照不低于工资的百分之三百的标准支付。
3. 保留相关证据：用人单位应保留员工在法定节假日工作的相关证据，如考勤记录、工作安排等，以备在发生劳动争议时作为证据使用。

四、法律后果

如果用人单位未按照法律规定支付综合工时制员工在法定节假日工作的加班费，员工有权向劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的加班费及相应的经济补偿。

总结来说，综合工时制员工在法定节假日上班，用人单位需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这是我国劳动法律法规的明确规定，用人单位应严格遵守。如果您在劳动工伤方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。