综合工时制员工的休假计算需结合其工作周期及法定标准综合判断，核心规则如下：

1. 周期内总工时控制
   综合工时制以周、月、季、年为周期计算工作时间，周期内总实际工作时间不得超过法定标准工时（如月标准166.64小时）。若未超标，即使某日或某周工作超8小时，也无需支付加班费，但需安排补休或支付150%工资（仅针对工作日延长工时部分）。

2. 休息日与法定节假日的区分处理

   • 休息日：综合工时制下，员工在周期内已通过调休完成休息的，休息日工作不视为加班（如某周工作6天但总工时未超40小时，第6天不付加班费）。
     
   • 法定节假日：无论周期内总工时是否达标，法定节假日工作均需支付300%工资，且不得以补休替代（如国庆节当天工作，即使当月总工时未超标，也需支付3倍工资）。

3. 周期结束后工时结算规则
   若周期结束时总工时超标，超出部分按以下规则处理：

   • 工作日延长工时（如每日超8小时部分）：支付150%工资；
     
   • 休息日工作（如周期内未安排调休的周末工作）：支付200%工资或安排补休；
     
   • 法定节假日工作：仍按300%支付工资。
     例：季度总工时520小时（标准500小时），其中含5天法定节假日工作（40小时），则需支付：法定节假日40小时×300% + 剩余超标20小时×150%。

4. 年休假与综合工时制的叠加规则
   员工依法享受的年休假与综合工时制无关，用人单位需按正常工资标准支付年休假期间工资，且年休假天数不纳入综合工时周期计算。例：员工年休假5天，这5天不计入季度总工时，用人单位仍需全额支付工资。

实务建议：

• 用人单位需在劳动合同或规章制度中明确综合工时制的适用周期及工时计算方式；
  
• 保留完整的考勤记录（如打卡记录、调休审批单），避免因工时计算争议败诉；
  
• 员工若发现周期内总工时超标但未获补偿，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有具体案例（如周期长度、超标工时分布等），可进一步提供细节，我会为您计算具体补偿金额。