在综合工时制下，当员工在法定节假日被安排工作时，其工资支付方式遵循特定的法律规定，以下是对此问题的详细解答：
一、法定节假日工资支付原则
根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，法定节假日是劳动者的带薪休假日，无论劳动者是否实际工作，用人单位都应依法支付工资。若劳动者在法定节假日被安排工作，则用人单位需支付不低于工资百分之三百的工资报酬，作为对劳动者额外劳动的补偿。
二、具体支付方式
基本工资支付：
- 劳动者在法定节假日即使未实际工作，也享有带薪休假的权利，用人单位应按劳动合同约定的工资标准支付基本工资。
加班工资支付：
- 若劳动者在法定节假日被安排工作，用人单位需按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。
- 例如，若员工的日工资标准为200元，在国庆节（法定节假日）当天被安排上班，则该员工当天的工资应为600元（200元×3），其中包含了正常的日工资200元和额外的加班工资400元。
支付标准不可替代：
- 法定节假日的加班工资支付标准不能以补休来替代，用人单位必须确保及时足额支付。
三、工时计算与休息权益
工时计算：
- 在综合工时制下，法定节假日的工作时间应计入该综合计算周期的总工作时间内。
- 但核算是否超出法定标准工作时间时，法定节假日的工作时间不计入超时加班的判断依据。
休息权益：
- 法定节假日是劳动者的休息日，用人单位应尊重劳动者的休息权益，不得强行要求加班。
- 若因工作需要确实需要安排加班，应事先与劳动者协商，并尽可能通过调休或补休的方式弥补休息时间。
四、合规性审查与维权途径
合规性审查：
- 用人单位在制定工作计划和安排加班时，应仔细审查相关法律法规，确保所有操作合法合规。
- 包括对工时计算的准确性进行复核、对加班工资支付的合法性进行审查以及对劳动者休息权益的保障措施进行落实等。
维权途径：
- 若用人单位未依法支付法定节假日工资或加班工资，劳动者有权向当地劳动保障监察部门投诉或提起劳动争议仲裁。
- 劳动者应了解并维护自己的合法权益，必要时可寻求法律援助。
总结
综合工时制下的员工在法定节假日被安排工作时，用人单位应依法支付不低于工资百分之三百的加班工资，并确保及时足额支付。同时，用人单位应尊重劳动者的休息权益，合理安排工作时间和休息时间，并加强合规性审查，确保所有工作安排都符合法律法规的要求。劳动者也应了解并维护自己的合法权益，必要时采取合法手段进行维权。