在综合工时制度下，法定节假日上班的工资计算是一个涉及劳动者权益的重要问题。以下是对此问题的详细解答：

一、法定节假日上班的基本原则

在综合工时制中，法定节假日是劳动者的休息日，原则上劳动者应享有休息的权利。然而，如果用人单位因工作需要安排劳动者在法定节假日上班，那么这一天的工作性质就变为加班日，用人单位需要按照法律规定支付加班工资。

二、法定节假日上班的加班工资计算

1. 加班工资支付标准：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

2. 具体计算方法：

   • 法定节假日加班工资的计算公式为：加班工资 = 加班工资基数 ÷ 月计薪天数 × 300% × 加班天数。
   • 其中，月计薪天数通常按照21.75天来计算，这是由（365天 - 104天休息日）÷ 12个月得出的。
   • 加班工资基数一般按照劳动合同约定的工资标准来确定，如果合同没有明确约定，则通常按照劳动者本人正常劳动应得的工资来确定，且不得低于当地最低工资标准。

3. 实例说明：

   • 假设劳动者小张的月工资标准为6000元，他在国庆节（法定节假日）加班了1天。那么，他的加班工资就是：6000 ÷ 21.75 × 300% × 1 ≈ 827.59元。

三、法定节假日在综合计算周期中的特殊处理

1. 不计入正常工作时间：

   • 在综合工时制中，法定节假日的工作时间不计入综合计算周期内的正常工作时间。这意味着，即使劳动者在法定节假日加班，这部分时间也不会被用来计算是否超过了综合计算周期内的总工作时间。

2. 平均工作时间要求：

   • 尽管采用综合工时制，但用人单位仍需确保劳动者在一个周期内的平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准工作时间基本相同。即，总工作时间不应超过按照标准工时制计算的该周期总工作时间。

四、注意事项与合规建议

1. 确保加班工资基数的合法性：

   • 用人单位在确定加班工资基数时，应确保它符合劳动合同的约定和当地最低工资标准的要求。

2. 遵守审批程序：

   • 企业实行综合工时制必须经过劳动行政部门的审批。未经审批擅自实行综合工时制，即使与劳动者有约定，也可能被认定为无效，用人单位需要按照标准工时制支付加班工资。

3. 保障员工休息权利：

   • 用人单位应合理安排劳动者的工作时间，避免过度加班，确保劳动者在法定节假日享有休息的权利。

综上所述，综合工时制下法定节假日上班的工资计算应遵循相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。用人单位在制定和执行综合工时制时，应严格遵守相关规定，合理安排工作时间，并按时足额支付加班工资。