结论：员工下班途中发生车祸事故，第二天才办理住院，个体工商户是否承担责任，需根据具体情况判断，但一般情况下，只要事故符合工伤认定条件，个体工商户仍需承担相应责任。以下从多个角度进行分析：
一、工伤认定的基本条件
根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。这里的关键点包括：
- 上下班途中：指的是员工从居住地到工作场所或从工作场所到居住地的合理路线和时间范围内。
- 非本人主要责任：即事故责任主要由对方承担，员工本人不承担主要责任。
- 交通事故：包括机动车交通事故和非机动车交通事故。
二、住院时间对工伤认定的影响
员工在事故发生后第二天才办理住院，这并不影响工伤的认定。工伤认定主要关注的是事故发生的时间、地点、原因以及员工在事故中的责任情况，而与员工何时办理住院无直接关联。只要员工能够证明事故发生在上下班途中，且非本人主要责任，即可申请工伤认定。
三、个体工商户的责任
如果员工的事故被认定为工伤，那么个体工商户作为用人单位，需要承担相应的工伤保险责任。这包括：
- 支付工伤医疗费用：包括住院费、手术费、药费等。
- 支付工伤津贴：在员工因工伤不能工作时，支付一定比例的工资作为津贴。
- 承担一次性伤残补助金：如果员工因工伤导致伤残，需要支付一次性伤残补助金。
四、特殊情况考虑
当然，也存在一些特殊情况可能影响个体工商户的责任承担，例如：
- 员工故意或重大过失：如果员工在事故中存在故意或重大过失，如酒驾、闯红灯等，可能影响工伤的认定和个体工商户的责任承担。但这种情况需要个体工商户提供充分证据证明。
- 事故与工作无关：如果员工在事故发生时并非在上下班途中，或者事故与工作完全无关，那么个体工商户可能不承担责任。但这种情况同样需要个体工商户提供充分证据证明。
五、建议与行动
- 及时申请工伤认定：员工应在事故发生后尽快向当地社会保险行政部门申请工伤认定，以便及时享受工伤保险待遇。
- 保留相关证据：员工应保留好与事故相关的所有证据，如交通事故认定书、医疗证明、住院记录等，以便在申请工伤认定时提供。
- 咨询专业律师：如果员工或个体工商户对工伤认定或责任承担有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，员工下班途中发生车祸事故，第二天才办理住院，并不影响工伤的认定和个体工商户的责任承担。只要事故符合工伤认定条件，个体工商户就需要承担相应的工伤保险责任。