结论：您可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益，公司扣除补助费的行为是否合法需根据具体情况判断。

详细分析：

1. 关于申请劳动仲裁的资格：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，属于劳动争议，适用该法。您与公司之间因扣除补助费产生的争议，显然属于劳动争议范畴，因此您有权申请劳动仲裁。

2. 关于公司扣除补助费的合法性：

   • 公司扣除补助费的行为是否合法，首先需要看您与公司之间的劳动合同或公司规章制度中是否有相关规定。如果合同或规章制度中明确规定了在某些情况下（如员工辞职未提前通知、未完成工作任务等）公司可以扣除补助费，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除补助费的行为可能是合法的。
   • 如果合同或规章制度中没有相关规定，或者规定违反了法律法规的强制性规定（如无故克扣工资等），那么公司扣除补助费的行为就是违法的。在这种情况下，您有权要求公司返还被扣除的补助费，并可以通过劳动仲裁来维护自己的权益。

3. 关于劳动仲裁的流程：

   • 您需要准备相关证据材料，如劳动合同、工资条、扣除补助费的通知等，以证明公司扣除补助费的事实和金额。
   • 然后，您可以向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的要求填写相关表格和提交证据材料。
   • 仲裁委员会在受理您的申请后，会安排开庭审理，并根据双方提供的证据和陈述作出裁决。

4. 关于可能的法律后果：

   • 如果仲裁委员会裁决公司扣除补助费的行为违法，那么公司需要返还被扣除的补助费，并可能需要支付一定的赔偿金或违约金。
   • 如果仲裁委员会裁决公司扣除补助费的行为合法，那么您可能需要接受这一结果，或者考虑通过其他途径（如诉讼）来进一步维护自己的权益。不过，在大多数情况下，如果合同或规章制度中没有明确规定且无法证明扣除补助费的合理性，仲裁委员会会倾向于支持劳动者的诉求。

建议：

• 在申请劳动仲裁前，您可以先尝试与公司进行协商，看是否能够达成和解协议，避免不必要的法律纠纷。
• 如果协商无果，您可以及时准备相关证据材料并提交仲裁申请，以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，您可以咨询专业律师（如我）的意见，以更好地了解自己的权利和义务，并制定合适的维权策略。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。