结论：在职乡镇教师档案年龄已超一年退休才发现，其之前领取的工资一般应视为应得报酬，但具体还需结合实际情况和相关规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、档案年龄与实际年龄不符的法律后果
档案年龄与实际年龄不符，在法律上可能引发一系列问题，尤其是在涉及退休、社保缴纳等方面。对于在职乡镇教师而言，如果档案年龄已经超过法定退休年龄，但实际并未达到退休年龄，且单位一直按照在职标准发放工资，那么从法律角度来看，这部分工资应视为应得报酬。因为单位在发放工资时，是基于档案年龄和在职状态来确定的，且教师也实际提供了劳动。
二、工资发放的法律依据
- 劳动合同或聘用合同：教师与单位之间通常签订有劳动合同或聘用合同，合同中会明确约定工资标准、发放方式等。如果合同中并未因档案年龄问题而约定特殊工资发放方式，那么单位应按照合同约定发放工资。
- 劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权获得与其提供的劳动相对应的报酬。只要教师实际提供了劳动，且未违反单位规章制度或法律法规，单位就应按时足额发放工资。
三、特殊情况下的工资处理
- 单位发现档案年龄问题后的处理：如果单位在教师档案年龄超过法定退休年龄后才发现这一问题，并决定停止发放工资或要求退还已发放工资，这需要依据具体情况和法律法规来判断。一般来说，如果单位在发放工资时并未因档案年龄问题而存在过错（如故意隐瞒、误导等），且教师也实际提供了劳动，那么单位要求退还工资可能缺乏法律依据。
- 社保缴纳与退休手续：档案年龄与实际年龄不符还可能影响社保缴纳和退休手续的办理。如果因档案年龄问题导致社保缴纳年限不足或无法办理退休手续，这可能需要通过法律途径来解决，如申请更正档案年龄、补缴社保等。但这并不直接影响之前已发放工资的合法性。
四、建议与措施
- 与单位沟通：如果教师发现自己的档案年龄与实际年龄不符，且可能影响工资发放或退休手续办理，建议首先与单位进行沟通，说明情况并寻求解决方案。
- 咨询法律专业人士：如果沟通无果或问题复杂，建议咨询法律专业人士（如我，王爽律师，专注于刑事辩护、合同纠纷、债权债务领域），了解自己的权益和可能的法律途径。
- 保留相关证据：在处理此类问题时，教师应保留好与工资发放、档案年龄等相关的证据材料，以便在需要时提供证明。
总结：在职乡镇教师档案年龄已超一年退休才发现，其之前领取的工资一般应视为应得报酬。但具体还需结合实际情况和相关规定来判断。如果遇到相关问题或纠纷，建议及时与单位沟通并咨询法律专业人士。