关于公司存在单休、双休以及不定时休三种不同休息制度时的计薪方式，需结合具体工时制度及法律规定来综合判断，以下是详细分析：
标准工时制下的计薪
- 双休情况：若公司实行标准工时制（每日工作8小时，每周工作40小时，每周至少休息1日），且实际安排双休，则员工月薪通常按固定数额发放，该数额已包含所有正常工作日的工资，无需额外计算加班费（除非存在加班情形）。
- 单休情况：若公司虽实行标准工时制，但实际安排单休（即每周工作6天，休息1天），则超出法定工作时间的1天（即第6天）应视为休息日加班。根据《劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。因此，单休情况下，员工除获得正常月薪外，对于每周多工作的1天，公司应支付加班费或安排补休。
综合计算工时制下的计薪
- 若公司经劳动行政部门批准实行综合计算工时制（如以周、月、季、年为周期综合计算工作时间），则单休或双休的计薪方式需根据综合计算周期内的总工作时间来确定。
- 在综合计算周期内，若员工实际工作时间未超过法定标准工作时间（如月综合计算周期内未超过166.64小时），则无需支付加班费；若超过法定标准工作时间，则超出部分应视为延长工作时间，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 不定时休在综合计算工时制下通常不直接涉及计薪问题，但需确保员工在综合计算周期内的总工作时间符合法律规定。
不定时工作制下的计薪
- 不定时工作制主要适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的劳动者。
- 在不定时工作制下，公司通常不按标准工时制计算加班费，但需确保员工平均每日和每周的工作时间不超过法定标准（即每日不超过8小时，每周不超过40小时，平均每周不超过44小时，且需保证劳动者每周至少休息一日）。
- 不定时休本身不直接决定计薪方式，但公司需根据员工实际工作时间和完成的工作任务来合理确定薪酬，并确保符合最低工资标准等法律规定。
建议：
- 公司应明确告知员工所实行的工时制度及计薪方式，并在劳动合同或规章制度中予以明确约定。
- 对于单休或存在加班情况的员工，公司应依法支付加班费或安排补休，以避免劳动纠纷。
- 员工在签订劳动合同时应仔细阅读相关条款，了解自己的权益和义务，如有疑问应及时向公司咨询或寻求法律帮助。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。