针对您提出的“2004年因无知与棉纺厂办理了自动离职，现在是否可以申请恢复”的问题，这主要涉及到劳动合同的解除与恢复的法律问题。以下是我根据相关法律法规和案例，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，自动离职通常意味着您主动结束了与棉纺厂的劳动关系。在一般情况下，一旦劳动关系被解除，且没有存在违法解除的情形，那么恢复劳动关系就会面临很大的法律障碍。
接下来，我们根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定来分析。该法第四十八条规定：“用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。” 从这一条款可以看出，恢复劳动关系的前提是用人单位存在违法解除劳动合同的行为，并且劳动者要求继续履行劳动合同，同时劳动合同具备继续履行的条件。
然而，在您的情况下，存在几个关键问题：
时间跨度长：您是在2004年办理的自动离职，至今已经过去多年。这么长的时间跨度，使得恢复劳动关系的现实可能性大大降低。
劳动关系状态：自动离职后，您与棉纺厂的劳动关系已经终止。除非有证据表明棉纺厂存在违法解除劳动合同的行为，并且您当时并未同意解除，否则恢复劳动关系将缺乏法律依据。
现实条件：即使存在违法解除的情形，也需要考虑劳动合同是否具备继续履行的条件。例如，您的原岗位是否仍然存在，双方是否还有继续履行的信任基础等。从您描述的情况来看，这些条件很可能已经不具备。
新劳动关系：如果您在自动离职后已经入职了其他单位，并签订了新的劳动合同，那么恢复与棉纺厂的劳动关系将更加困难。因为新的劳动关系的稳定和安全同样需要保护。
综上所述，虽然您可能对当时自动离职的决定感到后悔，但从法律角度来看，现在申请恢复与棉纺厂的劳动关系将面临很大的障碍。如果您认为棉纺厂在解除劳动关系时存在违法行为，并且给您造成了损失，您可以考虑通过法律途径要求棉纺厂支付相应的经济赔偿。
最后，我建议您咨询专业的劳动法律师，根据您的具体情况和当地的法律法规，为您提供更具体的法律建议和帮助。